和葉被人帶走不知去向，與此同時，柯南、服部和小五郎三人正對信一的死亡現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查，期間，女傭鹽谷給他們送來宵并講述了三年前所發(fā)生的事情。當(dāng)?shù)弥腿~被人擄走消息后，大家分頭尋找，最終在倉庫里找到了纏滿細(xì)線的和葉，所幸生命沒有受到威脅。之后，柯南和服部又發(fā)現(xiàn)了襲擊和葉用的電擊棒和BB彈，再次返回案發(fā)現(xiàn)場又找了新的線索，兇手就是那個人沒錯！

小蘭為了讓她父母親之間的感情有機會復(fù)合，便策劃了一場海灘之旅，大家在這里認(rèn)識了幾名大學(xué)生，但其中一個叫貴和子的女生在潛水的時候被海蛇咬到而有生命危險，之后，小蘭回想起自己看到的海蛇身上有兩個小翅膀一樣的東西，然而這個看似意外的事件，其實是有人蓄意操作。

柯南、小蘭和小五郎去滑雪的時候，和扮演雪女的明子以及她的替身住在了同一家旅社，期間，小蘭曾看到雪山上有雪女出沒。大家在愉快的滑雪回來后，柯南注意到一同出去的明子和洋子卻并沒有一起回來，當(dāng)晚洋子邀請大家一起喝酒，明子因為咳嗽并未參加，次日，洋子跑來找小五郎說明子留下遺書自殺了，找到尸體后，柯南發(fā)現(xiàn)這根本就不是自殺，而是被人謀殺，兇手就是那個人！

原來幸田把從寶石店里偷來的寶石分散埋在了綿貫家的院子里，而警察追過來時幸田稱寶石被埋到了院子里而警方則不得不挖開整個院子。但警察在挖掘后并沒有發(fā)現(xiàn)尸體。少年偵探團的各位在調(diào)查了綿貫家附近之后發(fā)現(xiàn)了綿貫殺害早苗的事實和藏尸的地點。在少年偵探團們的的指引下警方最終找到了早苗的遺體，而遺落的大波斯菊的種子最終說明了早苗鎖在的地點。

在吞口重彥被殺的瞬間柯南撿到了一條紫色的手帕，之后又發(fā)現(xiàn)了一個破碎的美術(shù)燈吊環(huán)，根據(jù)這兩條線索柯南展開了調(diào)查，可沒想到調(diào)查期間灰原卻被不明人士帶走，柯南以眼鏡為媒介聯(lián)系到灰原，得知她被關(guān)在了飯店內(nèi)的一個酒窖里，柯南讓灰原喝下老白干，這時，在飯店外面的柯南卻看到了金恩，而在酒窖的灰原身體也正在發(fā)生變化。