魏軍與蜀軍交兵于祁山，司馬懿（魏宗萬飾）屢次中計，于是閉門不出，以逸待勞。劉禪恢復了諸葛亮丞相的職位，但這時諸葛亮的身體已經大不如前。諸葛亮設計引魏軍出戰，司馬懿與諸葛亮斗智斗勇，知道這是諸葛亮的誘敵之計，于是分兵兩路夾擊蜀軍，諸葛亮也做好了周密的部署，分兵四路對抗魏軍。此時魏延（王心海飾）已經有了反心。魏軍慘敗。諸葛亮卻重病倒下，全軍撤回漢中。一年后魏軍率兵四十萬直逼漢中，諸葛亮訂下退敵之策準備再出祁山。連降秋雨，魏軍冒雨而退，諸葛亮乘勢再出祁山。

周瑜（洪宇宙飾）向魯肅等人安排一定要輔助主公成就大業，向孫權（吳曉東飾）推薦魯肅繼任己位。周瑜臨終前大呼“既生瑜，何生亮？”諸葛亮（唐國強飾）得知周瑜死訊，他說服劉備（孫彥軍飾）等人前去吊孝。小喬把周瑜佩劍贈與魯肅，魯肅得知諸葛亮來吊孝，派諸葛謹前去勸回，諸葛亮謝絕，執意要來。程普等人聞訊預謀殺害諸葛亮，魯肅向孫權表明心意，不可殺諸葛亮。祭祀之日，諸葛亮痛哭前來，甘寧拔劍刺向諸葛亮，趙云出劍擊落甘寧之劍。魯肅命程普等人住手，要善待嘉賓。諸葛亮雙手捧劍于程普面前，程普無奈接下。諸葛亮來到周瑜靈前，痛哭中訴說著周瑜一生的輝煌成就，自己也永遠失去一位知己。小喬說出周瑜遺愿：“孫劉交好，以抗曹操（鮑國安飾）。”權觀諸葛亮祭奠之情，對世間流傳公瑾與孔明不和之說不再相信。諸葛亮臨別時告訴魯肅退曹之策，魯肅謝過，感到諸葛亮多情，而周瑜度量太窄。諸葛亮遇見龐統，留給他薦書，希望他來荊州。龐統經魯肅舉薦去見孫權，孫權見他容貌古怪，未能重用。劉備見龐統前來，任他做縣令。三月后，張飛（李靖飛飾）前去視察，看龐統三月不理政事很是氣憤，后觀龐統斷案如神，便把他請回。劉備再見龐統表示慚愧，問諸葛亮為何不修書推薦，

馬超起兵攻打劉備（孫彥軍飾），和張飛（李靖飛飾）大戰一天不分勝負。劉備鳴金收兵，告訴張飛有收馬超之意。張飛聽罷，和馬超展開了夜戰，奪下馬超頭盔。馬超奪下張飛頭巾，劉備收兵休戰。第二天諸葛亮（唐國強飾）趕來，讓劉備結好楊松，進書張魯，說主公與劉璋爭奪西川，是為張魯報仇，速命馬超撤兵。張魯命馬超退兵，馬超卻不退。楊松等人便向張魯說馬超有私心，后又去馬超營中，讓馬超一月內收復西川，馬超無奈只好撤兵。楊松又派人造謠說馬超回兵會奪漢中，張魯命人不許馬超進關。劉備等人正在商議誰去勸降馬超之時，李恢前來歸降，請命說服馬超。李恢說服了馬超，劉備攻打劉璋，馬超任先鋒。劉璋無奈，說服群臣，開城投降。劉備占領成都，平定州縣，建立蜀國基業。

張郃中張飛（李靖飛飾）之計，兵敗至瓦口關。瓦口關前有大量魏軍把守，關后又是懸崖峭壁，易守難攻，張飛在山后尋找小路，尋找突破之路。瓦口關最終被張飛攻破。張郃欲戴罪立功，率兵攻打葭萌關，諸葛亮（唐國強飾）派黃忠去救。黃忠直取葭萌關，并一路攻到漢中。曹操親領大軍守漢中，并派夏侯淵守備囤糧之地定軍山，黃忠立下軍令狀誓奪定軍山。在法正的幫助下，黃忠奪了定軍山。

魯肅到劉備（孫彥軍飾）那游說想要回荊襄九郡，諸葛亮（唐國強飾）稱公子劉琦尚在，荊襄九郡理當守護。魯肅向周瑜（洪宇宙飾）回報劉琦病入膏肓，如不歸還便起兵討伐。孫權（吳曉東飾）兵敗合肥，讓周瑜回去養病并調兵支援。劉備、諸葛亮趁機奪取零陵。趙云攻打桂陽，太守趙范開城投降，兩人并結拜兄弟。趙范想把亡兄之妻嫁給趙云，趙云憤然離去。劉備、諸葛亮聽過趙云想法，表示理解，不再勉強。張飛攻下武陵。關羽攻打長沙，與黃忠交戰中放其一馬，黃忠只射關羽盔纓，回報關羽恩情。韓玄誤以為黃忠有詐，便要殺害他，魏延此刻救下黃忠，殺死韓玄，開城迎接關羽。諸葛亮觀魏延不仁不義，便要殺之，后被劉備勸下。黃忠被劉備、諸葛亮誠意請求，終于歸順。