在幫純子小姐調(diào)查入室偷竊的時(shí)候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是純子小姐的鄰居北上先生，初步判斷為酗酒墜樓，但在高木警官調(diào)查附近鄰居時(shí)柯南看出了端倪。所調(diào)查的房間里柯南看到了幾處線索，這些都可以說(shuō)明北上并非意外墜亡，但是柯南還是沒(méi)有找到關(guān)鍵的證據(jù)，小五郎在電梯里整理儀容時(shí)柯南突然明白了什么。

元太在奧米花的路口邊找東西時(shí)，突然被身后狂奔而來(lái)的紅衣男子撞倒，元太追逐紅衣男子未果，便叫來(lái)少年偵探團(tuán)一起幫他尋找紅衣男子的下落。正當(dāng)幾人爭(zhēng)論不休時(shí)，柯南等人被警察叫住詢問(wèn)，這才得知該紅衣男子竟是一名搶劫犯，于是少年偵探團(tuán)便決定幫助警察抓到紅衣男子。與此同時(shí)，另一名紅衣男子來(lái)到警察局，告訴警察他失憶了，卻被警察以嫌疑人的身份進(jìn)行追捕。這名紅衣男子究竟是不是搶劫犯？感覺(jué)此事另有蹊蹺的柯南展開了調(diào)查。

和柯南推測(cè)的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個(gè)從現(xiàn)場(chǎng)消失的名叫淺香的保鏢，其真實(shí)身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時(shí)候聽到了電視臺(tái)打給毛利小五郎的電話，號(hào)稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當(dāng)柯南和小五郎趕到指定賓館時(shí)又一起兇殺案發(fā)生了。

混凝土殺人事件還未解決網(wǎng)上就已經(jīng)鬧得沸沸揚(yáng)揚(yáng)，說(shuō)是案件真兇是外星人而警察在故意隱瞞外星人的存在，將案件告訴過(guò)毛利小五郎的千葉警官為此被訓(xùn)斥了一番。柯南可以確定的是這起案件是人為的殺人事件，在走訪犯罪嫌疑人朽木后柯南有了線索，到底朽木是用什么方法殺了被害人呢？

柯南等人來(lái)到方斗寺調(diào)查會(huì)預(yù)知未來(lái)的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內(nèi)留宿。正當(dāng)眾人享用晚飯時(shí)，突然從房?jī)?nèi)傳出一聲慘叫，原來(lái)是正在房中念經(jīng)的住持被人殺害。毛利小五郎通過(guò)柯南在院內(nèi)找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當(dāng)兇手跪地坦白自己的罪行時(shí)，柯南突然發(fā)現(xiàn)案件并沒(méi)有結(jié)束……