阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)一起去參觀西田在家里建造的水族館時，遇到了旅行回來的西田的學(xué)生井村，他們用備用鑰匙進(jìn)了房子，沒想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發(fā)現(xiàn)了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關(guān)閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認(rèn)為這是意外事件，就在他們準(zhǔn)備結(jié)案時，柯南說出了真相！

柯南用變聲領(lǐng)結(jié)將其中一名搶匪引到廁所并和大家一起將他制服，根據(jù)茱蒂老師提供的線索即搶匪注重時間以及讓認(rèn)識的人互相捆綁這兩點(diǎn)，柯南推斷出了搶匪的目的以及他們的逃跑計劃，于是，少年偵探團(tuán)在柯南的指揮下相互配合，爭分奪秒的把即將爆炸的炸彈送進(jìn)電梯里，之后，柯南又將計就計把混在人質(zhì)中剩下的三名人質(zhì)揪了出來，本以為一切就此結(jié)束，沒想到……

這天作為地區(qū)體驗采訪的嘉賓，小蘭和柯南來到了岡山。在參觀美術(shù)館的時候遇到失去記憶的奇怪女人，而在經(jīng)過檢查后發(fā)現(xiàn)身上還有扭打的痕跡。而趕來小五郎接受了調(diào)查她過去的委托。通過她畫的畫小蘭她們開始尋找她的記憶，而就在這時柯南發(fā)現(xiàn)她們被跟蹤了。在來到野崎家的大宅之時出現(xiàn)了認(rèn)識她的人而她的名字是吉瀨萬由美，找回名字的萬由美卻突然逃走了！

這兩人竟然是長野縣警官上原由衣和大和敢助，他們此次前來的目的是讓柯南和小五郎幫忙破解沾滿鮮血的赤壁之謎！于是一行人來到案發(fā)的希望之館，這里曾經(jīng)住著六個很有才華的年輕人，自從三年前一名女性小葵心臟病發(fā)去世之后，她的丈夫明石周作就獨(dú)自一人留在館內(nèi)生活，可是他卻被人鎖在館內(nèi)的屋中活活餓死，如今能看到的只有他留下的奇特死亡訊息，這時，大和警官的死對頭諸伏高明警官也來到館內(nèi)進(jìn)行調(diào)查。

小五郎曾抓捕過的殺人犯富樫文孝，在假釋的第二天再次因為殺人被抓進(jìn)了警局，小五郎深信決定重現(xiàn)做人的他不會再做出這種殺人的事情，便在偵訊室里勸導(dǎo)他說出真相，可是富樫卻一直保持沉默。另一方面，柯南和高木警官再次來到案發(fā)現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查，根據(jù)目擊者的證詞以及附近便利店的監(jiān)視影像，柯南發(fā)現(xiàn)事情的真相并非那么簡單，因為案發(fā)現(xiàn)場除了富樫還有另外一個人。