放學(xué)后，大家一起去由香家看鸚鵡，可是屋子里竟然出現(xiàn)了一個(gè)陌生男子，他說(shuō)自己是由香媽媽的同事，可以看出由香非常討厭這個(gè)男人，之后，她又發(fā)現(xiàn)自己鸚鵡和之前有所不同，元太等人認(rèn)為鸚鵡一定被這個(gè)男人調(diào)了包，便瞞著柯南在暗中展開(kāi)了調(diào)查，沒(méi)想到事實(shí)真如他們料想一般，那么，他到底有何目的？由香又是否會(huì)有生命危險(xiǎn)？

警方并沒(méi)有找到柯南等人看到的當(dāng)時(shí)那名男子所穿的灰色外套和背包，就在高木和佐藤準(zhǔn)備離開(kāi)的時(shí)候，已經(jīng)知道兇手手法的柯南有意向他們做出暗示，根據(jù)柯南的提示警方破解了兇手制造不在場(chǎng)證明的手法，因此，加藤終究難逃法網(wǎng)。破案之后，高木警官?zèng)Q定在離開(kāi)之前向佐藤警官表白，可是話剛到嘴邊，目暮警官就突然出現(xiàn)并告訴他……

由美說(shuō)今天并沒(méi)發(fā)生交通意外什么的，這可讓柯南犯了難，就在這時(shí)，便利店店長(zhǎng)的一句話給了柯南提示，為證實(shí)自己的想法他還去翻垃圾桶，所幸一切如他料想一般，于是，大家一起乘由美的車(chē)來(lái)到一座舊倉(cāng)庫(kù)，可遺憾的是他們并沒(méi)有找到翔子，反而看到了兩只小貓，知道了翔子的秘密后，柯南又在倉(cāng)庫(kù)外發(fā)現(xiàn)了出車(chē)禍的痕跡，難道說(shuō)翔子有危險(xiǎn)？

為了做天體觀測(cè)，阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來(lái)到一個(gè)坐落在深山里的旅館，期間結(jié)識(shí)了旅館老板天土，以及應(yīng)邀而來(lái)的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準(zhǔn)備上山看星星的時(shí)候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當(dāng)晚，二川的尸體被少年偵探隊(duì)發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。

某個(gè)炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊(duì)來(lái)到山里采集昆蟲(chóng)，期間，博士出了一道暗號(hào)讓他們進(jìn)行尋寶，內(nèi)容是“丸蟲(chóng)、家、帳篷”沒(méi)想到這個(gè)暗號(hào)居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說(shuō)她們那里發(fā)生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見(jiàn)山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。