服部打電話告訴柯南雖然沒有查到水無憐奈的過去，但是找到了關于神秘轉(zhuǎn)學生本堂英祐的事情，于是，柯南根據(jù)服部所提供的情報和阿笠博士、灰原來到了據(jù)說有英祐父親照片的模型店店長的家中，可是，店長卻發(fā)現(xiàn)柯南要找的照片突然不見了，并且根據(jù)房中所留下的痕跡來看，柯南斷言一定有人曾入侵過這個房間。

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫(yī)院找姐姐的時候發(fā)現(xiàn)了關于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽水無憐奈的事情。

在找到的眾多刀具中，并沒有發(fā)現(xiàn)婆婆半夜所打磨的刀，并且阿笠博士發(fā)現(xiàn)自己帶來露營用的錘子也不見了蹤跡，就在柯南思考兇手為何拿走錘子時，步美正準備向魚缸里倒水，他也由此而注意到了水位的下降，斷定兇器就在魚缸中，那么兇手就一定是他！期間，柯南還發(fā)現(xiàn)了婆婆幾十年前就離家的孫子翔太，許久未見，孫子又會以什么樣的表情面對婆婆呢？

工藤收到屋田誠人的信，信上說他一年前辦的案子有差錯讓他重新調(diào)查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個村莊。柯南只身來到了信上所說的地址，不想被關進了小木屋，就在這時，他因為誤食解藥的身體開始發(fā)生變化，逃脫期間掉進了旁邊的湖里，被人發(fā)現(xiàn)時他已經(jīng)失去記憶。為了讓他想起過去，服部一行帶著新一來到了當時的案發(fā)現(xiàn)場日源村長家，并在這里碰見了記者河內(nèi)深里以及屋田誠人的同學水川萌生。

小五郎載柯南和小蘭去泡溫泉的時候，目暮警官突然打來電話，說他們租來的這輛車子上被人安裝的炸彈而且時速必須保持在20公里以上，否則就會引起爆炸，面對這種突發(fā)狀況，小五郎只能繼續(xù)開車等待警察前來救援，但是即使打破玻璃救走小蘭和柯南，卻依舊無法保證小五郎的安全，如何讓車子在保持時速的情況下停止？犯人到底與小五郎又有何恩怨？