受百合香小姐之邀小五郎帶著小蘭和柯南前往了葡萄園，在那里他們看到了前來簽合同的山口先生，而百合香小姐的丈夫健吾卻帶著契約不知所蹤。水町帶來的契約上已經(jīng)有了健吾的簽名，在水町帶著小五郎等人參觀葡萄園時百合香小姐依舊沒能找到自己的丈夫，他們一起前往酒庫后才發(fā)現(xiàn)健吾已經(jīng)遇害，而除了水町之外其他的人都有不在場的證明。

這起靈異殺人事件所用到的手法柯南和平次基本都清楚了，在他們?yōu)榇蠹医沂玖诉@些看似詭異的手法后又發(fā)生了命案，這次被害的是消失已久的長女。案件又陷入了謎團，擔心被害的人們都躲在自己的房間里，而女仆小光的一個提示讓柯南和平次找到了新的線索，但他們現(xiàn)在還缺少決定性證據(jù)。

毛利收到的信件上寫著有人要殺害美術(shù)館館長的內(nèi)容，前去拜訪的柯南等人目睹了好幾次差點讓館長喪命的危機。而今天前來拜訪的赤座先生已經(jīng)被殺害，懷疑壬生小姐行跡可疑的柯南和小蘭正準備親自聯(lián)絡(luò)警方的時候卻遭到了襲擊，美術(shù)館里的三個員工是共犯，而館長現(xiàn)在將要面臨危險。

泡沫、熱氣和煙的實驗與室溫并沒有關(guān)系，在聽到三人單獨的問話后柯南鎖定了兇手。再次來到公寓的柯南又實施了實驗，事發(fā)時吵鬧不停的鬧鐘和他們到達案發(fā)現(xiàn)場的時間成為了案件的突破口，而柯南也明白了制造出不在場證明假象的手法，案件的真相終于揭曉，而在真相的背后又隱藏著不為人知的悲劇。

為了查出監(jiān)禁高木警官的地點，警方持續(xù)搜查的時候三位關(guān)系者漸漸浮上臺面，鎖定了可能是嫌疑犯的人后警方馬上進行潛入，雖然向嫌疑人澄清了事件的真相，但早已服毒的嫌犯在沒有說出監(jiān)禁地點的情況下死亡。另一方面，好不容易掙脫了雙腳束縛的高木警官丟下了腳邊的布后卻發(fā)現(xiàn)了綁在木板下的定時炸彈。