這天小五郎回到事務所后小蘭告訴他說說英理前來拜托希望在她出門的這段時間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍貓寄養(yǎng)在事務所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學了。在她走后，有一個自稱為桐下的男人來到了事務所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來的手機短信。因為短信的內容像是什么暗號，桐下無法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號的意義。

柯南和小蘭跟著小五郎一起來到鹿兒島，隨后三人就立即就去拜訪一個叫高隈的制酒廠，酒廠老板娘白石扶美子帶著這三人四處參觀的時候，卻不幸發(fā)生了意外，大家在董事辰村慎介的家中發(fā)現(xiàn)地上留有一灘血，而他本人也知了去向，經(jīng)過兩天的尋找辰村的尸體在公園里被人發(fā)現(xiàn)，而酒廠的所有人都成了此次案件的嫌疑人。

小五郎在樓下喝咖啡時，看服務員祥子心事重重的樣子，詢問得知，一個一直給她發(fā)MAIL的小男孩小滿，今天突然給她發(fā)了四封奇怪的訊息，想到小滿可能遇到危險，大家都十分擔心，可當務之急是確定小滿的位置，根據(jù)祥子提供的線索，柯南把目標鎖定在中洗、久更津和枯前崎三個地方，但打電話過去詢問卻并未查到他們的蹤跡，小滿到底出了什么事情？

柯南、小五郎和小蘭一起到神話故鄉(xiāng)出云旅游，并在這里認識了兩情相悅卻無法在一起的江角榮子和福間良介，次日，警察在豬目洞窟發(fā)現(xiàn)了江角的未婚夫鱷淵的尸體，經(jīng)過篩選，具有殺人動機的有四個人，除去江角、福間還有藤江和石飛，有目擊者說曾見過福間出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場，可福間卻對此沉默不語像是在保護什么人，而江角也和福間出現(xiàn)相同的情況，為證明二人的清白，柯南能找到什么樣的證據(jù)？

深夜從酒館醉醺醺出來的小五郎在回家的路上差點被建筑鋼條砸死，回到家后又收到了一條恐嚇他的短信，就在他回想與誰結仇的時候，小蘭發(fā)現(xiàn)這根本不是小五郎的手機，外套也是一個叫木村的，雖然被威脅的人不是自己的爸爸，但小蘭還是很擔心，在第二天調查的時候突然有一輛卡車沖向他們，所幸躲得快才沒有受傷，調查不斷深入，柯南察覺到了其中的端倪……