少年偵探隊(duì)在調(diào)查連續(xù)闖空門事件的時(shí)候，一幢公寓里突然傳出女聲尖叫，原來這名叫細(xì)野的小姐在買回來的二手沙發(fā)里發(fā)現(xiàn)了一具女尸，警方懷疑是她就是兇手，但細(xì)野卻有不在場的證明，這時(shí)，她的鄰居德永先生剛好回來，他說昨天聽到細(xì)野房中有爭執(zhí)的聲音，為搜集更多線索，高木去了那家二手家具店調(diào)查，得知那個(gè)沙發(fā)其實(shí)是從細(xì)野家附近的垃圾堆撿到的，一切又回到原點(diǎn)，就在大家一籌莫展時(shí)，光彥說他知道誰是兇手……

平次和合葉被惡毒的律師美里沙關(guān)了起來，并強(qiáng)迫服部來解開楠川偵探留下的一句暗號(hào)。另一方面柯南雖然在掌握了平次他們的行蹤，但因?yàn)檎也坏街缓谜伊思绎埖瓿晕顼垺Ｍ蝗黄酱未蛄艘煌娫掃^來，要求幫忙解暗號(hào)密碼，但柯南發(fā)現(xiàn)了暗號(hào)密碼的異常。此時(shí)，服部也為美里沙解開了暗號(hào)的謎題，而柯南也成功解除謎題并報(bào)警解救出平次和葉子。

光彥暑假?zèng)]有來做廣播體操，柯南他們?cè)煸L光彥家，得知光彥一早就出去一個(gè)人去野營。實(shí)在沒有理由來解釋光彥的單獨(dú)行動(dòng)。柯南他們一路上問過去，才知道光彥搭乘巴士與電車來到群馬縣的一個(gè)小站。而且似乎是進(jìn)入了森林。柯南他們用追蹤眼鏡開路，卻遇到了群馬縣的警察他們。柯南他們得知之前連續(xù)殺人犯沼淵己一郎也逃到這個(gè)森林中，不由得為光彥擔(dān)心起來！

小五郎帶著小蘭和少年偵探團(tuán)的孩子們來到被稱為地球遺產(chǎn)的人造木屋的集落·鬼澤鄉(xiāng)去觀光。這個(gè)村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們?yōu)榱舜_認(rèn)幽靈而出去散步的時(shí)候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過去！而對(duì)于步美的發(fā)現(xiàn)村子里的人卻極力否認(rèn)，到底是幽靈少女還是真有其人？

無法渡海，大家只能暫時(shí)待在鎮(zhèn)長家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對(duì)這棟房子進(jìn)行一番調(diào)查，于是 ，大家就分組行動(dòng)，柯南和服部等人在一樓的房間里發(fā)現(xiàn)了鎮(zhèn)長和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來慘叫，久米不知為何在看到鎮(zhèn)長女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時(shí)，救援船趕來，可船上卻只有一具船長的尸體和一行字句，事情變得越來越奇怪了。