大家二次來到倉庫后發(fā)現(xiàn)了在門上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對面的大算盤，這很可能是啟動(dòng)機(jī)關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉庫之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動(dòng)算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動(dòng)，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個(gè)一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個(gè)人正是……

就在萬由美好不容易找到自己的身份的時(shí)候卻突然逃走了，而她遺失的紙條上寫著“要知道真相就一個(gè)人來”的信息！而就在柯南追過來之后發(fā)現(xiàn)險(xiǎn)遭毒手的萬由美。在眾人調(diào)查神社時(shí)得知萬由美之前曾來過這里。晚上萬由美又再次的險(xiǎn)遭綁架，但凡人卻留下了一份借條，借此柯南推斷出了犯人的身份，而所謂的好友的身份也最終暴露出來。

柯南、小蘭和小五郎在百貨公司吃飯的時(shí)候，結(jié)識了樂隊(duì)吉他手中村悠介，之后，小蘭和他一起去地下室拿取CD，沒想到竟然在休息室看到了主唱渡邊友紀(jì)子的尸體，警方立刻展開調(diào)查并且對樂隊(duì)其他人進(jìn)行偵訊，每個(gè)人都有殺人的動(dòng)機(jī)和嫌疑，就在他們互相指責(zé)懷疑之時(shí)，柯南在八樓發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵性的線索，兇手果然就是那個(gè)人！

這天是米花大學(xué)的校慶，小五郎作為畢業(yè)嘉賓帶著柯南，小蘭和園子前來參加。這是米花大學(xué)學(xué)生辻榮尊座邀請小蘭來幫忙看看僵尸表演是否到位。之后柯南，小蘭和園子在尊座和貴士的帶領(lǐng)下參觀了他們設(shè)計(jì)的絕叫病棟，就在被他們精湛的設(shè)計(jì)和表演嚇到的同時(shí)發(fā)現(xiàn)成員之一安菜沒有按計(jì)劃起身嚇人，走進(jìn)之后發(fā)現(xiàn)安菜已經(jīng)中毒身亡！隨著調(diào)查的深入，一個(gè)月之前橋口中毒身亡的事情也逐漸浮出水面。

在鈴木財(cái)團(tuán)的支持下龍馬展的保全措施做的非常好，而柯南在廁所思考之前遺失的龍馬遺物的時(shí)候基德忽然出現(xiàn)！柯南追著基德來到展館內(nèi)部的時(shí)候發(fā)現(xiàn)園子的袖子上粘到了奇怪奇怪的東西，而柯南也發(fā)現(xiàn)了基德所謂下雨的真實(shí)含義。基德按照約定來到了展館內(nèi)而樽見利用假的被盜信息來出售贗品的事實(shí)也最終曝光。