少年偵探隊(duì)為幫白鳥警官報(bào)仇，堅(jiān)持留下來和警察一起進(jìn)行破案，根據(jù)歹徒留下來的警告信，警方認(rèn)為炸彈就安在紅色的電車上，可是費(fèi)盡力氣找到的全都是用來混淆視聽的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬居民都將成為人質(zhì)，柯南再次仔細(xì)琢磨這封警告信，發(fā)現(xiàn)歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經(jīng)發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒有那么幸運(yùn)了，柯南發(fā)現(xiàn)裝在炸彈上的水銀汞柱已經(jīng)啟動(dòng)！

參加網(wǎng)球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內(nèi)觀光的途中，園子撿到一部手機(jī)。手機(jī)的畫面上是“想要遇見那個(gè)孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機(jī)出現(xiàn)在咖啡店。小蘭無意中聽到兩人的危險(xiǎn)談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進(jìn)行調(diào)查決心已定要組織這場謀殺！

見到高城登之后大家就否定了之前的想法，因?yàn)闆]有人會(huì)帶著自己的孩子進(jìn)行毒品交易，那么，只有那三個(gè)沒有填寫信息表的人最有嫌疑，柯南通過包包中的手帕推斷出進(jìn)行毒品交易的就是那個(gè)做棒球動(dòng)作的人，于是，大家分頭尋找，與此同時(shí)，聽到他們零星對(duì)話就斷章取義的警局同事也忙著找高木的包包，面對(duì)這種突如其來的狀況，高木能夠找回戒指向佐藤求婚嗎？

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了。永倉先生雖然沒有生命危險(xiǎn)，但是犯人是誰卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會(huì)那里派來的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

帶著小蘭抽到的一張餐飲招待券，柯南一行人來到中華街的一家餐廳，并在那里與剛結(jié)識(shí)的幾名電影相關(guān)人士同一桌吃飯，只是沒有想到坐在柯南旁邊的川端突然毒發(fā)身亡，之后，警方介入調(diào)查但并未從川端的衣物上檢查出毒物反應(yīng)，反而從他使用的盤子和毛巾上測出毒物，警官便因此懷疑坐在死者身邊的小五郎。而另一邊，身體不適的小蘭也不知所為何事而心事重重。