女主播水無憐奈拜托小五郎調(diào)查一件奇怪的事情，她家的門鈴連續(xù)兩個月無故響起，但卻從未發(fā)現(xiàn)有任何人出現(xiàn)在附近的跡象，并且門口還曾出現(xiàn)過一瓶安眠藥，更離奇的是隔壁空了半年的房子竟然在某天夜里出現(xiàn)了聲響，聽完水無的描述，柯南在她家門口的墻上粘了發(fā)信器，企圖竊聽門外的動靜，之后，又獨自來到隔壁房間調(diào)查并在玻璃門上發(fā)現(xiàn)了“木、美、和”三個字。

小五郎，柯南，蘭，園子為了看伊東玉之助的劇團的戲劇表演，而前往了有名的劇院金丸座。這次，劇團上演的是以《歌劇院的怪人》為藍本改變的《金比羅劇院的怪人》的時代劇，玉之助飾演怪人，女演員輕部蘆美飾演女主角歌手。之后，在彩排中大吊燈突然落下，由于蘆美額頭受了小傷，玉之助不得不在劇院公開了被實際存在的怪人要求更換女主角的事情。

阿笠博士帶著少年偵探隊來到岡山縣倉敷市展開了一場古代史之旅，他們在這里結(jié)識了因同學會而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來的暗號進行尋寶時，卻發(fā)現(xiàn)那五人中的一人突然死亡，另外一個則被當做重要關(guān)系人接受調(diào)查，根據(jù)少年偵探隊所找到的時光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個時光保存罐。

小蘭開始懷疑柯南的身份就是新一，拾到柯南遺落的手機的小蘭，想用發(fā)送手機郵件的方法來確認真相。當小蘭按下了電源開關(guān),卻出現(xiàn)手機解鎖的畫面。正當她為解除4位密碼冥思苦想時，小蘭回想起半年前與新一的約會并解出了密碼。但發(fā)送給新一的郵件卻并沒有發(fā)送到柯南的手機上，而這時新一也打來了詢問的電話，最終小蘭打消了對柯南的懷疑。

聽到自己將要被分派到鳥取縣警局進行聯(lián)合搜查時，高木警官慌了手腳，然而，佐藤警官得知此事后竟然面不改色，與此同時，柯南等人在上學的路上遇到了一個神色匆匆的人，命案發(fā)生以后，這個人就成了重要嫌疑人，但讓大家沒想到的是千葉警官和這個叫加藤的嫌疑犯居然住在一起，千葉警官作證案發(fā)當時，加藤正與他一起看電視，難道兇手另有其人？