小林老師在圖書(shū)館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢(qián)包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書(shū)館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢(qián)包后離開(kāi)。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開(kāi)了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！

小五郎受浦生良造的委托幫忙找能夠證明他清白的目擊證人，本以為小事一樁，沒(méi)想到出乎意料的困難。幾日之后，浦生良造的遺體被人發(fā)現(xiàn)，因?yàn)槲迥昵八羞^(guò)含冤被抓的經(jīng)歷，因此不愿再次承受這樣痛苦的他選擇了自殺，然而，小五郎認(rèn)為這是一起他殺事件，于是他聯(lián)手老友竹岡一起調(diào)查。之后，他們找到了死者的外甥京介并將他鎖定為嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，與此同時(shí)也找到了他的不在場(chǎng)證明，小五郎認(rèn)為這都是自己所造成的結(jié)果，于是決定摘掉事務(wù)所的招牌。

園子的叔叔次郎吉因?yàn)樽ゲ坏交露肇瑝?mèng)纏身，于是，他再次策劃了基德抓捕計(jì)劃，這次他以寶石涼鞋“紫色指甲”為誘餌，并將展示臺(tái)設(shè)在基德不能使用滑翔翼的銀座正中央地面上，在粉絲們的期待下基德出現(xiàn)并成功拿到寶石，就在這時(shí)，四個(gè)路口被巨大的網(wǎng)子隔開(kāi)，猶如籠中鳥(niǎo)的基德從容不迫，放出煙霧后瞬間移動(dòng)到了30公尺高的大樓，因?yàn)槠渲幸活w寶石是贗品，于是他宣布自己次日還會(huì)再來(lái)。

根據(jù)這個(gè)如此漏洞百出的犯案現(xiàn)場(chǎng)，柯南推斷前來(lái)拿走照片的人并不是黑暗組織，為查明真相，柯南讓店長(zhǎng)分別給三個(gè)有備份鑰匙的人打電話詢問(wèn)他們的行蹤，卻并未發(fā)現(xiàn)有何異樣，然而，一切都逃不過(guò)柯南敏銳的眼睛，他將凳子上汗?jié)n與這三個(gè)人是身形相聯(lián)系，斷定拿走照片的人就在他們之中并且這個(gè)人現(xiàn)在就在房間里。

沒(méi)過(guò)多久，綁匪就打來(lái)電話威脅柯南他們盡快找到寶藏，不然難保灰原他們安全。人命關(guān)天，柯南絞盡腦汁想要破解暗號(hào)，他發(fā)現(xiàn)萩市地圖與貓圖相吻合，而貓眼的地方就是線索的所在，于是，他們來(lái)到了円政寺，并在這里找到了日記中被撕掉的一頁(yè)，柯南將這些零散的圖片拼接成一條路線，大伙兒照此地圖找到了一個(gè)地下山洞，就在寶物將要到手之時(shí)，黑衣人綁匪出現(xiàn)……