建太去撿球時透過窗戶發現了一個人身受重傷靠在沙發上，待大家發現后檢查傷者已經死亡。柯南不認為這是起意外事件，因為客廳里還躺著另外一名死者。經警察調查后得知受傷死者是房地產老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的員工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合開除，警察推測這可能是柴田的殺人動機。事件發生時河合的妻子優子正在家中二樓睡覺，沒有聽到樓下的打斗聲，這件事讓柯南起了疑心。

柯南醒來后發現自己身在一個狹小黑暗的空間里，眼睛漸漸習慣后他才發現自己被困在了棺材里，能聽到風聲這一點證明他還沒被埋起來，暈倒前的一幕幕也漸漸想了起來。毛利小五郎最近接到了一起案子，律師事務所保險柜被撬，存放在里面的遺囑不見了，這是過世的塘橋集團會長的遺囑，這件事與柯南的遭遇是否有聯系呢？

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計劃在倉庫抓住罪犯的現行，不料卻發現谷崎死在了反鎖的房間里。正當案件一籌莫展時，谷崎生前研究的老鼠機器人引起了柯南的注意。

不久，王聰聰父親來找魏老師要求轉學，還將那本畫有漫畫的書拿給老師看，王聰聰父親覺得秋實小學的文化氛圍不行，米小圈和姜小牙以及鐵頭聽到非常驚訝，好不容易建立起來的友誼現在卻要中斷，他們給王聰聰辦了熱烈的歡送會。一天，米小圈的父親接到一個電話，是王聰聰父親打來的，兒子被帶回家自學，將自己關在書房很多天，不吃不喝，只提出要見米小圈，王聰聰父親趕緊把米小圈叫去，米小圈幾個鬼臉做完，王聰聰變又樂不可支了。經過這件事，王聰聰父親開始反省自己平時給米小圈的壓力太大，準備今后帶他經常出去玩玩，王聰聰終于肯出門了，平時在父親的高壓下學習，差點造成抑郁。而米小圈的父親覺得自己兒子非常健康，但是去到王聰聰家后，面對滿墻的獎狀，他也開始反省，是不是自己“散養”的教育方式才讓米小圈沒有王聰聰優秀，從王聰聰家回去，米小圈父親也特意騰出一間房子作書房，滿墻的書籍，滿墻的名人札記，米小圈看了直接嚇得暈倒！這天，米爸開心地宣布他們一家要到新馬泰旅游，米小圈興奮地向全班同學宣布，終于有吹牛的資本了，再也不被姜小牙比下去，可是萬萬沒有料到，父親訂單的旅游景點是在中國，并且標準的農家樂，只是名字起得如此大氣，米小圈大失所望，

早上，米小圈父親和媽媽商量老家一個親戚二叔病了，他身邊無兒無女生活非常不方便，媽媽同情地說可以接來照顧幾天，媽媽這句話正中爸爸下懷，他立刻去收拾雜物室，看到爸爸這么積極，媽媽知道又上當了。姜小牙給米小圈看自己新得到的自行車，米小圈羨慕得不行，姜小牙說這輛自行車是他爺爺送的，另一個同學鐵頭也說他爺爺為他買了一個大榴蓮，可好吃了，米小圈又羨慕得不行，什么時候他爺爺也能送這么多禮物啊！終于下午回到家，米小圈看到二大爺回來了，他興奮地將二爺爺接到自己臥室住，看著兒子如此善解人意，米小圈的父親非常高興，覺得孩子終于能夠尊老愛幼了，母親不以為然，她覺得米小圈心里一定又在打什么壞主意。果真晚上，米小圈給爺爺錘完腿后，故意指著電視上的兒童自行車，問爺爺知不知道他缺什么，爺爺點點頭，第二天，爺爺在學校附近無意中看到孫子羨慕地摸著別的同學的自行車，被同學無情嘲笑，他拉著孫子說回來爺爺也給你買一輛。爺爺的話讓米小圈無比高興，激動地一下午耳朵都嗡嗡直響，到了晚上，天色很晚了，米小圈一臉憧憬地來到樓下等著看爺爺給他買的自行車，等了好久，等到花都謝了，終于看到了爺爺的影子，米小圈興奮地跑上前問爺爺新自行車在哪里？