就在媒體哄作一團(tuán)采訪及川的時(shí)候，柯南獨(dú)自展開(kāi)了調(diào)查，他從守畫(huà)室的門(mén)衛(wèi)那里得知了及川在案發(fā)前的小動(dòng)作，之后又在屋后發(fā)現(xiàn)了釣魚(yú)線，受到高木警官魔術(shù)的啟示，柯南破解了兇手的作案手法同時(shí)也得知了《青嵐》的所在，他利用老方法將小五郎麻醉并重現(xiàn)案發(fā)時(shí)的場(chǎng)景，最終將犯人繩之以法。案件了結(jié)以后，柯南雖戳破基德的偽裝，但這次他能抓到基德嗎？

在FBI制定作戰(zhàn)計(jì)劃的同時(shí)黑暗組織就已經(jīng)展開(kāi)了行動(dòng)，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測(cè)敵人的意圖時(shí)，杯戶中央醫(yī)院突然涌來(lái)大波病患，這無(wú)疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會(huì)采取什么行動(dòng)？

小說(shuō)家萬(wàn)田年久在旅館里趕寫(xiě)小說(shuō)，在編輯島木催稿離開(kāi)房間后，萬(wàn)田化裝成服務(wù)生，帶著貓咪諾貝爾離開(kāi)了旅館。萬(wàn)田路過(guò)柯南等人打簡(jiǎn)易棒球的場(chǎng)地，進(jìn)入了弟子原本高平的家。萬(wàn)田從代理作者原本那里得到原稿后，將其殺害了。而偶然將球打入的柯南一行進(jìn)入房間后發(fā)現(xiàn)了被殺的原本。柯南則發(fā)現(xiàn)了萬(wàn)田的不自然。

警察在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)筆記本，上面以流動(dòng)日記的形式寫(xiě)著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據(jù)這個(gè)筆記本，大和警官推測(cè)兇手就是因?yàn)閮?nèi)疚而動(dòng)手殺人的繁次。但是還有疑點(diǎn)并未解開(kāi)，于是，柯南和服部?jī)扇嗽俅蝸?lái)到了綾華的死亡現(xiàn)場(chǎng)，并從一名警察那里聽(tīng)到了關(guān)鍵的線索，兇手就是……

在找到的眾多刀具中，并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)婆婆半夜所打磨的刀，并且阿笠博士發(fā)現(xiàn)自己帶來(lái)露營(yíng)用的錘子也不見(jiàn)了蹤跡，就在柯南思考兇手為何拿走錘子時(shí)，步美正準(zhǔn)備向魚(yú)缸里倒水，他也由此而注意到了水位的下降，斷定兇器就在魚(yú)缸中，那么兇手就一定是他！期間，柯南還發(fā)現(xiàn)了婆婆幾十年前就離家的孫子翔太，許久未見(jiàn)，孫子又會(huì)以什么樣的表情面對(duì)婆婆呢？