柯南和元太等人在外玩耍時(shí)，遇到了三個(gè)對(duì)蜘蛛很有研究的人，于是大家興致勃勃的觀看浦崎所飼養(yǎng)的毒蜘蛛，這時(shí)，系川打電話給新野教授，可對(duì)面卻傳來(lái)一聲慘叫。待大家到達(dá)研究所時(shí)，教授已經(jīng)身亡，雖然柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了毒蜘蛛，卻并沒(méi)有找到相應(yīng)的血清，并且他還發(fā)現(xiàn)有人對(duì)電話動(dòng)了手腳，由此判斷教授并非死于意外，這是一起謀殺案件，與教授相識(shí)的這三名蜘蛛愛(ài)好者都有殺人的動(dòng)機(jī)，兇手一定就在他們之中。

柯南在車上發(fā)現(xiàn)了一封信后，就更加肯定兇手是這個(gè)叫三角的人，可他到底使用了什么樣的犯案手法？就在柯南百思不得其解時(shí)，瑛祐突然大叫，原來(lái)他的手被擋風(fēng)玻璃的碎片劃傷，小蘭拿出OK繃給他包扎，這時(shí)，柯南靈光一現(xiàn)，知道了兇手的犯案手法，他利用老方法將小五郎麻醉，沉睡的小五郎再次出馬。

服部平次和遠(yuǎn)山和葉特地趕到東京，邀約柯南和小蘭一起去大阪看甲子園球賽和寶塚歌舞，不巧的是這兩個(gè)節(jié)目居然在同一天舉行，為了決定看什么，服部和和葉爭(zhēng)論不休，這時(shí)小五郎提議進(jìn)行一場(chǎng)推理賽來(lái)決定去哪里，他將警方委托他調(diào)查一起殺人事件交給了平次和和葉。這起案件的死者是玩具公司的社長(zhǎng)，在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)服部準(zhǔn)確的說(shuō)出了死亡方式以及兇器，并且還發(fā)現(xiàn)了死者用積木留下的死亡訊息，和葉心有不甘也認(rèn)真投入到暗號(hào)的破解之中，這兩個(gè)人到底誰(shuí)更勝一籌呢？

小蘭、柯南、服部以及和葉一行四人去看魔術(shù)師星河童吾的奇幻魔術(shù)秀，在表演水中脫逃的時(shí)候，和葉和小蘭以為魔術(shù)失敗，便沖向舞臺(tái)準(zhǔn)備救人，卻沒(méi)想到這只是為了營(yíng)造舞臺(tái)效果而做的表演。為表歉意，和葉和小蘭來(lái)到后臺(tái)，并在這里遇到范田和姬宮，原來(lái)他們都是十年前失蹤的魔術(shù)師正影的弟子，之后，他們四人受邀來(lái)到了正影家，可就在這短短的時(shí)間內(nèi)竟然發(fā)生了命案。

牛迂的死因是喝了摻進(jìn)氰化鉀的綠茶后中毒身亡。神奈川縣的橫溝警官發(fā)現(xiàn)裝著氰化鉀的瓶子翻倒在尸體下。然而牛迂打開(kāi)了綠茶的瓶蓋后沒(méi)人再碰過(guò)，因而他斷定這是自殺案件。但柯南卻對(duì)此很懷疑。之后柯南發(fā)覺(jué)元太的舉止很古怪，于是調(diào)查三瀨等人的車內(nèi)垃圾，找到了決定牛迂絕他殺的證據(jù)。犯人也最終承認(rèn)了自己的罪行。