看似自殺的案件還存在著很多疑點(diǎn)，現(xiàn)場(chǎng)留下的物件和快速轉(zhuǎn)臺(tái)的情況讓柯南明白了作案手法，而能夠作為決定性證據(jù)的物品還藏在真正的兇手身上。奶奶受到的訊息讓恩田的謊言不攻自破，而作為冒牌小五郎的他正處于尷尬的境地，察覺到背后隱情的柯南并不準(zhǔn)備揭穿他，柯南還準(zhǔn)備讓這個(gè)冒牌的小五郎展現(xiàn)名推理指出真正的兇手。

紅色噴漆事件是近期發(fā)生的惡性連續(xù)破壞車輛案，沒(méi)想到千葉警官的車子也遭到毒手，接到報(bào)警電話和由美警官一起趕來(lái)的女警新人竟然就是千葉警官的初戀情人淼子，知道這些的柯南等人順?biāo)浦圩屒~和淼子一起調(diào)查此案，想要借此機(jī)會(huì)讓遲鈍的千葉回想起來(lái)，而在兩人調(diào)查的地下停車場(chǎng)內(nèi)卻發(fā)生了追撞事故，而這次事故似乎與紅色噴漆事件有著關(guān)系。

以幕末的長(zhǎng)崎為舞臺(tái)，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團(tuán)的簡(jiǎn)報(bào)，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過(guò)來(lái)，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺(tái)詞。

揭開暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團(tuán)看完電影后往家趕，在電車上他們看到遠(yuǎn)方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達(dá)現(xiàn)場(chǎng)后目擊墜落的時(shí)間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長(zhǎng)時(shí)間，為了找出案情的真相柯南立即對(duì)案發(fā)的大樓展開了調(diào)查。

八號(hào)車廂里的殺人事件已經(jīng)偵破，而有希子與苦艾酒的對(duì)峙還沒(méi)有結(jié)束，在八號(hào)車廂制造火災(zāi)假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計(jì)劃的一樣，隨著列車的爆炸苦艾酒的任務(wù)也告一段落，正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團(tuán)一起的小哀，這一切的背后還有所隱藏，前來(lái)協(xié)助柯南的究竟是何方神圣？