柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫(huà)線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開(kāi)玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門(mén)，眾人合力打開(kāi)門(mén)后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

音樂(lè)人波土祿道發(fā)表了新歌并準(zhǔn)備召開(kāi)演唱會(huì)，柯南等人約定一起去看波土的彩排表演。來(lái)到表演廳外的眾人偶遇了波本和小梓，卻被工作人員通知表演臨時(shí)取消。正當(dāng)眾人在表演廳外交談時(shí)，前來(lái)做消防檢查的警察卻突然發(fā)現(xiàn)波土祿道被吊死在了舞臺(tái)正中央……

建太去撿球時(shí)透過(guò)窗戶(hù)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)人身受重傷靠在沙發(fā)上，待大家發(fā)現(xiàn)后檢查傷者已經(jīng)死亡。柯南不認(rèn)為這是起意外事件，因?yàn)榭蛷d里還躺著另外一名死者。經(jīng)警察調(diào)查后得知受傷死者是房地產(chǎn)老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的員工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合開(kāi)除，警察推測(cè)這可能是柴田的殺人動(dòng)機(jī)。事件發(fā)生時(shí)河合的妻子優(yōu)子正在家中二樓睡覺(jué)，沒(méi)有聽(tīng)到樓下的打斗聲，這件事讓柯南起了疑心。

走在櫻花盛開(kāi)的小道上小蘭不由得想起了與新一的初次相遇，那還是在上幼稚園的時(shí)候。急忙趕去上班的小五郎不小心踩壞了小蘭的櫻花名牌，英理只能先給女兒用紙做了一塊名牌應(yīng)急，但小蘭卻因?yàn)檫@塊名牌受到其他小朋友的譏諷，同樣是櫻花班的新一稱(chēng)自己也丟了名牌，他要求小蘭也為自己做一個(gè)。

小蘭的母親妃英理在自己的事務(wù)所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進(jìn)了廢棄的大樓內(nèi)，并用搶來(lái)的手機(jī)向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來(lái)了妃英理所發(fā)的信息內(nèi)容，從中獲得了一些線索后柯南帶領(lǐng)小蘭和小五郎立刻展開(kāi)救援，但被綁架的地點(diǎn)可能有兩處，柯南能在危急時(shí)刻找到正確的位置嗎？