練習空手道的京極曾在幼時受到高見達人的指點，高見老師的教誨才成就了如今的京極，京極拜訪老師道館的時候園子拖著柯南也來參觀。高利貸催款的人來到了道場，得知老師要賣掉道場引退后京極非常反對，京極出去沒多久就聽到了玻璃破碎的聲音，一行人沖出去后發現道館內寶貴的黑帶不見了。

死者被殺時手里握著剪刀，尸體的傷口處還粘滿了蜂蜜，不僅如此，案發現場的水龍頭還一直開著，柯南和昴確定兇手就是零食店的仙波先生，但他們還一時半會兒找不到兇器。在詢問了保鏢后柯南有了一些線索，阿笠博士在院子里看到的成群螞蟻也為他們提供了幫助，兇手到底是運用了什么手法來作案的呢？

受宿里村村長之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達旅店后，通過與其他幾位考古學家和歷史學家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發生過塌方事故，其中一位外國挖掘隊員在彌留之際寫下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說中極為兇猛的怪獸。飯后當眾人準備回房休息，平次卻突然發現門前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過程中，卻發現了倒在血泊中已經喪命的歷史學家。

找到失蹤的貓咪后小五郎和柯南拿著酬勞準備去吃飯，但他們卻突然聽到尖叫的聲音，在樓下他們發現一對夫妻死在了家里。死在客廳里的是身中數刀的前原圣一，而他的妻子前原早紀則被捆綁在臥室的衣櫥里窒息死亡。警方探查之后認為殺死圣一的正是他的妻子早紀，想要掩人耳目而把自己捆起來關入衣櫥的早紀卻遇到了意外，但真相真是這樣嗎？

這天，米小圈和其他隊員一起做野外拉練鍛煉體能，看著其他隊員跑得氣喘吁吁，米小圈又開始耍起小聰明，他繞了道悄悄躲在一棵樹下看小說，休息，終于聽到吹哨的聲音，他才匆匆爬起來，臨走時還不忘將手里的礦泉水往臉上噴噴當做汗水，米小圈做這些游刃有余，當他和其他隊員一起“大汗淋漓”地跑回操場，隊長不明就里還表揚他能夠堅持。看到隊長翻開隊員們號碼牌后面記錄的公里數，米小圈開始懵逼了，很快隊長看到米小圈只跑了三百步，當著隊員的面毫不客氣地指責米小圈投機取巧，米小圈根本不服氣，他認為既然是鍛煉體能，平時應該多節省，等上比賽現場在揮汗如雨也不遲，大伙紛紛側臉，米小圈覺得自己根本沒錯。果真，不久之后，他們與春華小學的對戰就開始了，米小圈躍躍欲試，肌肉老師卻讓他有耐心，準備讓米小圈在最后下半場進入，并且當做隊里的黑馬，米小圈聽到肌肉老師如此重用他，心里非常得意。上半場春華小學以一比零的得分勝出，經過短暫的休息調整后，秋實曉學的運動員開始展現出優勢，因為他們平時比較重注體能訓練，因此在后半場比賽中依然保持著雄厚的實力，眼看就要與春華小學的分數追平，可是五號運動員卻因為不小心足鍵手上受傷，終于被擔架抬下陣來。米小圈