柯南他們接受了委托，決定去解開似乎與穿紅色夾克衫的自殺者有關(guān)聯(lián)的公文包之謎，在去葵屋旅館的途中，遇見了山村刑警于是一起前往。小五郎等人到達(dá)旅館后，卻聽說已經(jīng)有個自稱“毛利小五郎”的人先到了旅館，不久之后卻發(fā)現(xiàn)假冒的小五郎在自己的屋子里上吊死亡了。而在死者的隨身物品中有一份過期的報紙和夾在其中的頭發(fā)，在柯南的提示下小五郎解開頭發(fā)的秘密慢慢接近真相。

阿笠博士帶柯南和少年偵探團(tuán)去伊豆的海水浴場游玩，無意中聽到了當(dāng)?shù)氐臐O夫下條和吉澤與新加入的漁夫荒卷的爭吵，雙方還約定晚上8點餐廳里見。但荒卷卻遲遲沒有出現(xiàn)最后被發(fā)現(xiàn)死在了沙灘上。在現(xiàn)場調(diào)查之時柯南發(fā)現(xiàn)船上留下的紐扣的疑點，而死者滿是劃痕的手機(jī)使柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的真實名目，但是犯人的殺人動機(jī)又是什么呢？

倒在浴室的薰被送到醫(yī)院。因為找不到殺害她時所使用的兇器而被認(rèn)為是外部人所為，柯南從寫著祝福話語的彩色信紙上發(fā)現(xiàn)是內(nèi)部人所為。在獨(dú)自調(diào)查現(xiàn)場的時候柯南注意到大家送上祝福的祝福版上的不自然并推理出了犯人和犯人的犯罪手法?？履蠁为?dú)面對犯人說出自己的推理，犯人在證據(jù)面前承認(rèn)了自己的罪行，因為愧疚之前便已經(jīng)決定自殺的犯人在柯南的救助下活了下來而熏也搶救成功渡過危險。

柯南將小五郎麻醉并召集島上的所有人，準(zhǔn)備將真相公之于眾，但遲遲未見和葉和服部的身影，在警察的催促中，柯南只好開始對整個案件進(jìn)行推理，雖然門脅和祿郎最有可能犯案但柯南卻首先排除了他們二人的嫌疑，而當(dāng)他指出真兇時，在座之人無一不感到震驚，這時，自救成功的服部及時趕到推理現(xiàn)場，更是說出了一個讓兇手都意外的事實。

死者是奈緒子，柯南和服部在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了魚鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線索，根本無法抓到兇手。這時，君惠說她有今年祭典購買號碼牌的名冊，于是柯南一行人前往神社，悲劇再次發(fā)生，君惠為找名冊死在倉庫的大火之中。之后，柯南和服部分頭行動，服部發(fā)現(xiàn)了新的線索，正巧此時柯南打來電話，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門脅時，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險為夷？