"1948年4月，共產黨西北野戰軍發起西府戰役，圍攻西北重鎮寶雞，國民黨因此被迫放棄延安。南京國防部二廳軍事技術處處長俞北平正在家中整理儀表，準備去趕去清城的火車見道濟銀行董事長張瀚民 ，去拿自己女兒徐丹妮放在他處的五線譜譜紙。卻不料張瀚民被南京國防部二廳特別調查處處長鄭翊查出是共產黨潛伏在南京的特務，鄭翊當天便帶人來到道濟銀行，見張瀚民不在，便挾持了道濟銀行的接待員，欲通過她逼問出關于共黨的信息。正在這時，俞北平恰好打電話來道濟銀行找張瀚民，這讓鄭翊不由得懷疑俞北平是張瀚民的同黨。接待員在鄭翊的監控下，戰戰兢兢地接完了俞北平的電話。隨后，鄭翊向她詢問俞北平和張瀚民兩人交往細節，接待員不欲告知其信息。鄭翊見此掏出手刀，殘忍地刺穿了接待員的手心。接待員一時間痛不欲生，哀嚎連連。與此同時，俞北平整理好了儀表要出門，正好遇到了樓下等待著他的岳父，南京國防部二廳副廳長徐文正。俞北平一直在徐文正的授意下，同張瀚民有生意來往，而此時張瀚民被查出是共產黨，徐文正便提醒俞北平跟張瀚民及時撇開關系，免得淌入渾水。而道濟銀行的接待員在鄭翊的嚴刑逼供下，終于屈服，告訴他們共產黨特務相約于今日下午一點在九號公

林莎想起程忠義曾同她提起舒曉梅是吳昆才的遠方親戚，而吳昆才正是目前一連串事件中的重要人物，便決定要抓住舒曉梅這條線索。趁舒曉梅不在辦公室時，林莎通過從貨物寄存處獲得的那張寄存單同舒曉梅筆記的對比，確認了那女子就是舒曉梅。隨后，林莎故意讓舒曉梅知曉自己在查她，想通過她找到吳昆才。果不其然，林莎果通過舒曉梅的行蹤，查探到一個行蹤詭異之人，她認定那人便是吳昆才就追了上去。林莎一路追蹤到一家旅館的288房間，卻出乎意料地發現了何群。何群發現林莎后，兩人展開激烈的槍戰，好在程忠義及時趕來，林莎成功將何群擊斃。鄭翊知道何群被擊斃的消息，深受打擊，面色瞬間蒼白。而美方從何群嘴里發現了跟蘇聯有關的文件，懷疑何群同蘇聯有聯系，決定帶走程忠義尸首，全面介入調查。俞北平由何群一事，發覺目前事情發展很不對勁。沉思后，他突然恍然，何群死亡之事乃鄭翊一手策劃，鄭翊故意讓俞北平引林莎發現何群，并讓何群臨死前故意吞入南京同蘇聯的合作協議，以坐實蘇聯介入國共內戰之事。而美方也確實如鄭翊所料，對此事震怒不已，重新評估同南京的合作關系。特調局內，鄭翊見“比基尼”第二階段成功進行，又哭又笑，在屋里給犧牲的何群敬酒，并發誓自己

俞北平為修復同徐丹妮的父女關系可謂盡心盡力。徐丹妮學校要舉行合唱比賽，徐丹妮作為音樂系學生被選為伴奏者。俞北平便在學校排練期間，看徐丹妮練琴。隨后，兩人一起看電影，俞北平買了徐丹妮小時候最愛吃的牛軋糖。待兩人回家后，俞北平再次耐心勸徐丹妮遠離社會斗爭，靜心提升自己，徐丹妮乖乖點頭。深夜，蔣維民所處的羈押室突然來了位不速之客。他用布條將熟睡的蔣維民勒至窒息，并在將巡夜的士兵暗殺后逃走。由于逃走得匆忙，他遺留下了一顆紐扣。次日，眾人得知蔣維民被人刺殺后大驚，但好在蔣維民命大，仍留有一口氣。俞北平為此召開會議，在會議上，眾人深入分析了現場遺留的線索。與此同時，徐丹妮正在學校上音樂課。她在上課間拿出了一封情書，心甜之余還執筆回信。下課后，曹旭東的女友因為找不到曹旭東而驚慌失措，忙跑來詢問徐丹妮關于曹旭東的下落，在徐丹妮的一番安慰后，她總算平息了慌亂。南京對清城下達指令，命鄭翊作為此案的督察，俞北平協助調查。與此同時，美方也對此案施加壓力，若十日內偵破不了此案，便要將此案全權接手。兩方的壓力下，俞北平生存艱難。之后，俞北平和特調局高層召開會議以商談蔣維民被殺一事，商談間，眾人得知在兇殺現場所找到

小林武義口口聲聲稱1644部隊在傳染科做試驗，都是用日本人做標本，林雨竹當面拆穿他的謊言，以及他們利用姚華康對目擊者萍萍潑硫酸報復這種令人發指的的罪行，小林武義被說得啞口無言。小林武義來到傳染科，狠狠教訓了增田知貞的學生，埋怨不該為了節約成本在醫院做試驗，應該神不知鬼不覺把萍萍殺死，而不是用那種拙劣的手段。姚華康帶領警察去濟世醫院抽查良民證，對不服者全部拘留，徐醫生正在給患者看病，警察硬闖進去，徐醫生大為不滿，警察就對他拳打腳踢，姚華康還在一旁說風涼話，萍萍沖出來護住丈夫徐醫生，姚華康認出她，對她惡語相向，姚華康妻子攙著婆婆從診室出來，姚華康才知道徐醫生正給來母親看病，他趕忙陪著笑臉向徐醫生認錯。林雨竹聞訊趕來，讓姚華康嚴懲打人的警察，否則就全部停診，姚華康只好帶人悻悻離開。林雨竹知道姚華康不會善罷甘休，讓徐醫生和萍萍連夜轉移，以免遭人報復，可他們倆的良民證還在姚華康手里，林雨竹答應想辦法讓他們出城，萍萍和林雨竹灑淚告別。孫啟忠買通了去城外埋死人的警察，讓萍萍和徐醫生假裝死尸被運出城。姚華康一早來找徐醫生給母親看病，林雨竹反而找他要人，還拿出萍萍和徐醫生的絕筆信，一口咬定姚華康讓他們夫

吳昆才雖有怨氣，但最后還是被何群說服。而鄭翊為了最快平息清城亂局，派了軍隊鎮壓游行的群眾，并四處抓捕學生。徐丹妮的學校也遭遇此劫，為了避免女兒受到傷害，俞北平來徐丹妮學校接她，卻遭徐丹妮抗拒，俞北平只能無奈看她跑開。隨后，俞北平向下屬詢問遲又一的下落。鄭翊同何群策劃“比基尼”計劃的事，提出制造南京正在同蘇聯談判的假象，等美方一走，他們便將南京送給蘇聯，以此來阻止共軍南下的步伐。 此方法雖很冒險，但此時已無其他辦法。同時，鄭翊也提出要從徐丹妮下手，來壓制俞北平。為誘導徐丹妮，宋強等人找到遲又一，要求他為已方辦事。在宋強的威逼利誘下，遲又一遲遲不肯妥協。正在僵持之際，鄭翊趕到，見遲又一還沒被拿下很是不滿，便提醒宋強要善用攻心之計。之后，宋強抓了遲又一的妻兒脅迫遲又一，遲又一只能妥協。范自強經過面目調整后，成功化身為李可夫，并按鄭翊的安排到咖啡館同吳昆才見面。吳昆才告知他幾日后準備同一個南京來的高級參謀見面，以此來制造南京已經甩掉美國，轉而向蘇聯合作的假象。俞北平在從徐丹妮學校回住所的路上，跟程忠義交談來了解林莎以及她的哥哥林沖曾經的狀況。另一方面，美方驚訝地發現李可夫并沒有隨蘇聯談判小組回