柯南等人來到方斗寺調查會預知未來的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內留宿。正當眾人享用晚飯時，突然從房內傳出一聲慘叫，原來是正在房中念經的住持被人殺害。毛利小五郎通過柯南在院內找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當兇手跪地坦白自己的罪行時，柯南突然發現案件并沒有結束……

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計劃在倉庫抓住罪犯的現行，不料卻發現谷崎死在了反鎖的房間里。正當案件一籌莫展時，谷崎生前研究的老鼠機器人引起了柯南的注意。

警方開始調查啤酒王子南北家O太郎的死因，大家都有不在場證明，小五郎斷言這是一場意外事故。但警方卻從Q次郎的尸檢報告中發現了疑點，經檢查發現Q次郎尸體肺部里的水并不是池塘水而是自來水，而O太郎的房間里發現了監聽器，上面還有Q次郎的指紋。更令人驚訝的是桌子上留下的指紋是O太郎的，而這指紋竟然與七年前搶劫殺人案犯人留下的指紋是一致的。

這天，米小圈和其他隊員一起做野外拉練鍛煉體能，看著其他隊員跑得氣喘吁吁，米小圈又開始耍起小聰明，他繞了道悄悄躲在一棵樹下看小說，休息，終于聽到吹哨的聲音，他才匆匆爬起來，臨走時還不忘將手里的礦泉水往臉上噴噴當做汗水，米小圈做這些游刃有余，當他和其他隊員一起“大汗淋漓”地跑回操場，隊長不明就里還表揚他能夠堅持?？吹疥犻L翻開隊員們號碼牌后面記錄的公里數，米小圈開始懵逼了，很快隊長看到米小圈只跑了三百步，當著隊員的面毫不客氣地指責米小圈投機取巧，米小圈根本不服氣，他認為既然是鍛煉體能，平時應該多節省，等上比賽現場在揮汗如雨也不遲，大伙紛紛側臉，米小圈覺得自己根本沒錯。果真，不久之后，他們與春華小學的對戰就開始了，米小圈躍躍欲試，肌肉老師卻讓他有耐心，準備讓米小圈在最后下半場進入，并且當做隊里的黑馬，米小圈聽到肌肉老師如此重用他，心里非常得意。上半場春華小學以一比零的得分勝出，經過短暫的休息調整后，秋實曉學的運動員開始展現出優勢，因為他們平時比較重注體能訓練，因此在后半場比賽中依然保持著雄厚的實力，眼看就要與春華小學的分數追平，可是五號運動員卻因為不小心足鍵手上受傷，終于被擔架抬下陣來。米小圈

17年前日本將棋四冠王羽田浩司遇襲案讓柯南非常在意，和他同日遇害的還有同一酒店的美國資本家阿曼達，柯南和灰原推測這是組織所為，但羽田浩司遇害時的房間卻不像是組織的一貫風格。地產公司社長被害時手里拿著阿笠博士發明的剪刀，目暮警官請阿笠博士來說明剪刀的用途看是否能為破案提供幫助，柯南注意到這次的案件卻與17年前羽田浩司遇害案非常相似。