在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來時(shí)身邊的伙伴們都消失不見，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

毛利小五郎像的秘密

少年偵探團(tuán)對(duì)于賈斯丁的事件還是非常在意，偷偷溜出來的他們和柯南一起展開了調(diào)查，聰明的賈斯丁并沒有坐以待斃，顯眼的他四處留下關(guān)于自己的信息，而柯南根據(jù)這些信息終于找到了他。犯人終于被捕，但事件卻還沒有結(jié)束，熊紋公司的社員井上先生有著太多的疑點(diǎn)，柯南能感覺到這件事情還不止這么簡(jiǎn)單。

因?yàn)樯缴蠒r(shí)常有人白天生起營(yíng)火的緣故，柯南并不能根據(jù)濃煙判斷小哀等人的位置，柯南現(xiàn)在急于找出兇手問出同伴的下落。火勢(shì)蔓延的很快，小哀迫于無奈只能吃下解藥帶著孩子們沖出了木屋，柯南已經(jīng)根據(jù)自己的推理找到了真正的兇手，但被光彥傳出去的影片將會(huì)帶給他們很大的麻煩。

毛利一家和柯南想要去的餐館正在施工，很多以前的建筑都被重建或者改造，正當(dāng)毛利感嘆的時(shí)候工地里傳來了很大的聲音。建筑器材的散落發(fā)生了命案，被壓在鋼管底下的是朱古先生，而捆綁鋼材的帶子上有被割過的痕跡。最有可能作案的便是在場(chǎng)的三人，而這三個(gè)人都有作案動(dòng)機(jī)，在檢查了命案現(xiàn)場(chǎng)后柯南有了線索。