在流水亭吃飯的時候，柯南再次遇到謀殺案件，死者是繩文大學(xué)的新井副教授，同行的兩人金田和巖間表示他們是為了慶祝新井晉升才來流水亭，調(diào)查后并沒有發(fā)現(xiàn)可疑人物出現(xiàn)在新井遇害的八號房，而當(dāng)時金田和巖間也都有不在場證明。但一切瞞不過柯南的眼睛，在查看了金田和巖間所在的三號房和送飯用的船只后，找到了兇犯難以逃脫的鐵證。

小五郎受推理迷林雅人之邀去米花町水族館觀看表演，沒想到在表演現(xiàn)場卻發(fā)生了命案，死者是女演員大沢美智子，警方在調(diào)查中發(fā)現(xiàn)大沢的膝蓋處有貼布，詢問了同事后得知，她的腿偶爾會疼痛，并且在檢查了控制室和蚌殼裝置沒發(fā)現(xiàn)異樣后，推斷出大沢死于意外，然而，跟著警方一起調(diào)查的柯南還是發(fā)現(xiàn)了蛛絲馬跡，認(rèn)為這是一件有預(yù)謀的殺人案件。

柯南隨小五郎送園子和小蘭到山里的別墅，參加在網(wǎng)上認(rèn)識的魔術(shù)愛好者見面會，在回家途中，柯南從收音機中聽到魔術(shù)愛好者的西山務(wù)在家被殺，而且還留下殺人將繼續(xù)的留言，之后小五郎和柯南急忙趕回去卻看到與山外唯一連接的橋正在燃燒，身患發(fā)燒的柯南沖入大火一個人到達(dá)別墅，很快第二個受害者濱野的尸體在雪地中被發(fā)現(xiàn)， 但周圍卻一個腳印都沒有。

九十九七惠通過妃英理的介紹來到毛利偵探事務(wù)所，她拜托小五郎幫她重新調(diào)查丈夫著名魔術(shù)師九十九元康的死因，一行人來到九十九家中，見到了元康的三個學(xué)生真田一三 、三好麻子和白地裕士，簡單的照面之后，他們來到元康的死亡現(xiàn)場——地下室，柯南仔細(xì)進(jìn)行現(xiàn)場勘查，發(fā)現(xiàn)了電話上一串奇怪的數(shù)字，期間，小蘭對柯南起了疑心，而暗中觀察他，但柯南毫無意識。

柯南在死者村西真美家發(fā)現(xiàn)了四處疑點，在少年偵探隊的提醒和暗示下，高木終于知道了案件的真相，大家找到真兇用證據(jù)讓他承認(rèn)罪行。而另一邊，杯戶美術(shù)館則即將在市民的矚目和阿笠博士的熱帶彩虹炸彈中爆破，可佐藤警官和東田還在美術(shù)館內(nèi)，情況危急，佐藤警官真的會葬身美術(shù)館嗎？