小五郎三人陰錯陽差的搭上了簱本家的豪華游輪，并遇到新婚夫婦夏江和小武，這時，簱本當(dāng)家豪藏找孫女婿小武談話，他識破了小武是自己害死的對頭財誠勇夫的兒子。當(dāng)大家都在餐廳用餐時，突然傳來管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武并將他關(guān)進(jìn)倉庫，可是到了晚上，柯南又在夾板上發(fā)現(xiàn)了長孫女秋江丈夫的尸體，被禁足的小武也不見了蹤影。

柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時，理事長室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰是犯人時，棒球隊主投小偉自首說這件事是自己做的，而他的母親卻說是她做的，柯南認(rèn)為事情不會那么簡單，便和園子偷偷溜到理事長室，仔細(xì)觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰，并利用變聲領(lǐng)結(jié)將大家叫到理事長室揭露了兇手。

這天，少年偵探團(tuán)跟阿笠博士一起來到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場由博士的朋友三上導(dǎo)演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說出了電影要在今年終結(jié)的事實。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來松井竟然被人刺殺！當(dāng)少年偵探團(tuán)的各位趕到片場時看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服?？此坪翢o頭緒的現(xiàn)場在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。

為找到更多的線索，柯南和服部對長門家的門衛(wèi)和廚師等人逐一進(jìn)行詢問，并且在對個個房間的搜查中，找到了女仆口中的床單，而且根據(jù)秀臣房間的電話留言，兩人重新推斷出了秀臣的死亡時間，一切準(zhǔn)備就緒，服部叫來目暮警官，重現(xiàn)當(dāng)時犯案的場景，兇手就是那個人，但逼死兇手絕不是一個偵探想要的結(jié)果。

委托人為表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們在搭乘湯之山縣的列車上，遇到了兩名爭吵的醫(yī)生佐藤、伊達(dá)，期間伊達(dá)曾生氣離開。換乘休息的途中，警察在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發(fā)現(xiàn)尸體，柯南洞察到伊達(dá)神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎么樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？