鷹取嚴男在取回寶石后將柯南扔在了馬路中間的綠化帶中，柯南受不住沖擊昏了過去，當他醒來時鷹取早已不見蹤影。柯南隨后被送到醫院檢查，所幸身體沒有受傷。柯南想弄清案件的真相，趁病房沒人偷溜出去尋找線索。他先去尋找之前在鷹取身上發現的酒吧地址，在酒吧隔壁的房間里竟然發現了被盜珠寶店的采購員的尸體。

利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發現倉庫一片狼藉，在若狹老師不經意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網打盡？

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發現石灰已經用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發現一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發現了一具骸骨……

不久，王聰聰父親來找魏老師要求轉學，還將那本畫有漫畫的書拿給老師看，王聰聰父親覺得秋實小學的文化氛圍不行，米小圈和姜小牙以及鐵頭聽到非常驚訝，好不容易建立起來的友誼現在卻要中斷，他們給王聰聰辦了熱烈的歡送會。一天，米小圈的父親接到一個電話，是王聰聰父親打來的，兒子被帶回家自學，將自己關在書房很多天，不吃不喝，只提出要見米小圈，王聰聰父親趕緊把米小圈叫去，米小圈幾個鬼臉做完，王聰聰變又樂不可支了。經過這件事，王聰聰父親開始反省自己平時給米小圈的壓力太大，準備今后帶他經常出去玩玩，王聰聰終于肯出門了，平時在父親的高壓下學習，差點造成抑郁。而米小圈的父親覺得自己兒子非常健康，但是去到王聰聰家后，面對滿墻的獎狀，他也開始反省，是不是自己“散養”的教育方式才讓米小圈沒有王聰聰優秀，從王聰聰家回去，米小圈父親也特意騰出一間房子作書房，滿墻的書籍，滿墻的名人札記，米小圈看了直接嚇得暈倒！這天，米爸開心地宣布他們一家要到新馬泰旅游，米小圈興奮地向全班同學宣布，終于有吹牛的資本了，再也不被姜小牙比下去，可是萬萬沒有料到，父親訂單的旅游景點是在中國，并且標準的農家樂，只是名字起得如此大氣，米小圈大失所望，

在被害人波土的遺物中發現了他親手所寫的字條，經紀人和社長隨即回憶起了波土生前的往事，眾人這才得知經紀人小姐原來竟是波土的前女友。而在舞臺上發現的繩索和折疊椅也為柯南等人提供了線索，經過波本對繩索的一番講解和演示，眾人共同推理出了波土的死因和兇手的真實身份。