阿笠博士和少年偵探團(tuán)在河灘看螢火蟲的時(shí)候，垂水打電話給運(yùn)來螢火蟲的中嶺，不想電話的另一邊卻傳來痛苦的呻吟聲，于是大伙兒匆忙驅(qū)車趕往事發(fā)地點(diǎn)，到達(dá)時(shí)中嶺已經(jīng)在自己的車子里停止了呼吸，在他的旁邊還有一瓶有毒的飲料，有四人具有犯案嫌疑小和田道武以及他的女兒小葵、垂水和達(dá)馬，就在鳴龍梳理案情時(shí)，柯南注意到了元太從垂水車上拿的手電筒，這正是破案的關(guān)鍵！

園子的次郎吉叔祖父要舉辦龍馬展，而怪盜基德則發(fā)出了預(yù)告狀。但奇怪的是這次基德發(fā)出的是歸還物品的預(yù)告狀！而從叔祖父那里園子他們了解到這次次郎吉只是借出了博物館場地，而展覽的主辦發(fā)則是樽見。為了對(duì)抗基德，幾次郎在展覽場地安排了特別“基德歸還處”就在眾人在處處提防怪盜基德的時(shí)候柯南發(fā)覺了基德指定的日期是雨天。但基德的用意究竟何在？

意外的是門把上留下的指紋竟然是諸伏高明警官的部下，為找尋更多線索，大和刻意讓柯南跟著高明警官去曾經(jīng)住在別館里的翠川尚樹、山吹紹二、百瀨卓人和直木司郎家進(jìn)行詢問，高明警官謊稱在門把上檢驗(yàn)出他們的指紋來觀察他們的反應(yīng)，不所料直木司郎聽說了這件事之后神色緊張，就在大家以為他是兇手，準(zhǔn)備進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查時(shí)，直木司郎被人殺死，而他家里的其中一面墻壁被涂成了紅色。

根據(jù)巖石上的暗號(hào)以及死者潛水表上刻意抹去的字，步美、光彥和元太三人展開了討論，雖然沒有揭示出這些信息的含義但柯南和沖矢昴卻從他們那里得到了啟示，就在與死者一起潛水的三個(gè)同伴吵鬧著要離開一角巖時(shí)，警察卻在柯南的提醒下找到了殺人犯，沒想到兇手竟然以步美為人質(zhì)想要逃脫抓捕，所幸沖矢昴出手相救，然而這個(gè)成為大家英雄的人卻總給灰原一種無形的壓迫感。

柯南、小蘭和小五郎在咖啡廳結(jié)識(shí)了一名叫高畑響子的女士，她從警察那里得知的妹夫福島意外死亡后就匆忙趕回家中，現(xiàn)場除了尸體還有散彈槍和墜落的吊燈，警察準(zhǔn)備以意外事件結(jié)案，但身為死者同學(xué)的千葉警官卻認(rèn)為事情沒有那么簡單，他和同樣持有懷疑態(tài)度的柯南暗自展開了調(diào)查，不出所料這果然是一起有預(yù)謀的殺人事件！