少年偵探團(tuán)利用連休來到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂趣，但跟著他們一起前來的園子、小蘭和小五郎卻對小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購買的老店中卻沒有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來的社長竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號的社長急忙拜托調(diào)查。

阿笠博士住在鄉(xiāng)下的老友龍?zhí)赡抢飫偤糜性麄兿胍纳钌介毙蜗x，在柯南等人捉蟲回來時(shí)卻發(fā)現(xiàn)龍?zhí)纱笫宓乖诹说厣希T口的佛像也不翼而飛，再留下“深山楸形”幾個(gè)字后龍?zhí)杀銜灹诉^去。與龍?zhí)捎型恋剡吔鐔栴}糾紛的周平和時(shí)常會偷盜佛像的慶都因與“深山楸形蟲”有關(guān)系而被懷疑，經(jīng)過調(diào)查而前往道之站的柯南認(rèn)為兇手另有其人。

撿到地圖上的四個(gè)記號讓光彥等人認(rèn)為將會有案件發(fā)生，少年偵探團(tuán)再次出動(dòng)逐戶去敲門提醒，而這四戶中的香月先生卻意外身亡。調(diào)查回來的柯南遇到了發(fā)現(xiàn)香月先生的小狗酷兒，趁光彥等人不注意而被偷走的地圖正是酷兒的主人八木澤先生為了遛狗理由而畫下的，偷走這樣地圖的無疑就是這次事故的兇手，而關(guān)鍵詞則是香煙。

園子中學(xué)時(shí)的好友矢內(nèi)小姐拜托小五郎幫她重新調(diào)查姐姐的自殺案件，而她也是這次事件的目擊者之一。被警方認(rèn)定為自殺案件的這起事件還存在著很多疑點(diǎn)，事發(fā)當(dāng)天正在商量明年創(chuàng)立祭的矢內(nèi)小姐和顧問児玉老師看到了受害人在模型社里自殺的一幕，第一個(gè)趕到現(xiàn)場的是受害人的未婚夫柴垣老師，而柯南在還原現(xiàn)場時(shí)看出了端倪。

警方將嫌疑人鎖定在三個(gè)人身上，考慮到兇手很可能是關(guān)西人，服部要求親自對他們進(jìn)行偵訊，這些人分別是須貝、甘粕和東條，他們都聲稱自己是地道東京人，并且偵訊期間并沒有發(fā)現(xiàn)什么異常，之后，在旁吃飯的小蘭等人提供了一些線索，這讓柯南茅塞頓開，原來兇手就是那個(gè)人！他讓餐廳為這三個(gè)嫌疑人分別準(zhǔn)備一碗味增湯，并說只要喝下就能真相大白。