小蘭和柯南潛水的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)了一名女子的尸體，鎮(zhèn)上的驗(yàn)尸醫(yī)生田中認(rèn)為這是一起自殺事件，但被害人的朋友卻口口聲聲說(shuō)一定是田中殺的，原來(lái)田中為和院長(zhǎng)女兒訂婚而拋棄了死者，雖然田中的嫌疑最大，但是他卻有不在場(chǎng)證明，小五郎干著急沒辦法，而柯南則從撿垃圾的爺爺那里找到了一個(gè)破洞的游泳圈，并用空瓶子做了個(gè)簡(jiǎn)單試驗(yàn)，犯人的手法他已完全明白。

小五郎帶小蘭和柯南去日賣樂(lè)園游玩，正好碰上劇場(chǎng)演出，假面超人的表演橫跨整個(gè)樂(lè)園，可就在他表演從高空彈跳的動(dòng)作時(shí)，腳踝的橡皮突然斷裂，假面超人的表演者西野掉落河中而死，這起案件乍一看是意外，但柯南注意到橡皮有灼燒的痕跡并非自然斷裂，于是推斷出這是謀殺，在對(duì)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查和相關(guān)人員的偵訊后，兇手浮出水面！

柯南的班級(jí)轉(zhuǎn)來(lái)了一個(gè)叫灰原哀的女生，而同一天少年偵探隊(duì)也收到了同校俊野幫忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)了一張夏目漱石的肖像畫，俊野說(shuō)曾有一個(gè)黑衣女人很賞識(shí)這幅畫，聽到這些，柯南馬上聯(lián)想到了黑衣組織，便急忙帶領(lǐng)偵探隊(duì)走街串巷的尋找線索，期間，在便利店遇到的一個(gè)使用假錢的男子引起他的注意，于是，一路尾隨，推理出了這名男子的去向。

小蘭在去沖繩旅行的飛機(jī)上想起了一年前新一在飛機(jī)上首次處理命案的事情，當(dāng)時(shí)正值深夜，飛機(jī)上所有的人都在睡覺，突然傳來(lái)一聲尖叫，一名叫大鷹的男子在廁所被人殺害，碰巧目暮警官也在飛機(jī)上，于是新一和目暮警官一起對(duì)機(jī)艙上所有可疑的人進(jìn)行了調(diào)查，在尋找兇器無(wú)果后，新一想到兇器一定就在兇手身上。

少年偵探團(tuán)因成功抓捕強(qiáng)盜而大出風(fēng)頭，某日，大家一起外出的時(shí)候，步美被一輛急駛而過(guò)的紅色轎車撞傷，柯南用滑板載著光彥和元太一起去追肇事車輛，奇怪的是，每到轉(zhuǎn)角車子都會(huì)停下來(lái)，好像故意等他們一樣，當(dāng)柯南等人追到石倉(cāng)工廠時(shí)，車子不見蹤影，之后，車子有突然出現(xiàn)并一路駛向警察局，沒過(guò)得多久，柯南等人得知石倉(cāng)工廠發(fā)生了命案……