因?yàn)樯缴蠒r(shí)常有人白天生起營火的緣故，柯南并不能根據(jù)濃煙判斷小哀等人的位置，柯南現(xiàn)在急于找出兇手問出同伴的下落。火勢蔓延的很快，小哀迫于無奈只能吃下解藥帶著孩子們沖出了木屋，柯南已經(jīng)根據(jù)自己的推理找到了真正的兇手，但被光彥傳出去的影片將會帶給他們很大的麻煩。

經(jīng)過不斷的調(diào)查，柯南和平次終于知道了這起事件的始末，而小光這時(shí)又收到了來自洋房主人的簡訊。假冒小光的合葉在小蘭的幫助下一同打倒了埋伏在南蠻房間里的兇手，敗露了行動的兇手趁著昏暗的光線從暗道逃跑，被卡在暗道出口的他遇到的是平次和柯南，而兇手在燈光下顯現(xiàn)出來的臉是……

以幕末的長崎為舞臺，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團(tuán)的簡報(bào)，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過來，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺詞。

在砂田善三叔叔的邀請下園子、小蘭和柯南一起來到溫室觀看開花的金琥，在參觀的過程中愛發(fā)脾氣的善三叔叔和自己的兩個(gè)兒子因?yàn)檫z囑的事情起了爭執(zhí)。吃過八代小姐做的晚飯后柯南等人聽見了溫室的警報(bào)聲，趕過去的他們看到的是握著遺囑驚慌失措的康之，而砂田善三已經(jīng)死在了溫室里。

被初音小姐雇傭的偵探安室透在調(diào)查伴場先生時(shí)發(fā)現(xiàn)了一件事，初音小姐和伴場先生都是從同一間飯店獲救的嬰兒，兩人都是在身份不明的情況下在同一所教會中撫養(yǎng)長大，聽到這些之后的初音非常在意。所有的證據(jù)都指向了伴場先生，在車底找到初音小姐掉落指甲的柯南似乎看出了事情的真相，這背后或許有著令人悲傷的事實(shí)。