破解密碼后，元康留下的線索居然是……案件解決之后，小蘭找借口把柯南帶到了工藤家，并戳穿柯南就是新一的身份，這時(shí)，工藤的母親有希子從美國(guó)回來(lái)，在她的幫助下，柯南逃過(guò)了小蘭的質(zhì)問(wèn)。 次日，有希子帶柯南來(lái)到鄉(xiāng)下，原來(lái)她是受兒時(shí)朋友廣美所托，來(lái)鑒別剛從巴西回來(lái)的叔父義房的「真假」，晚上，義房說(shuō)他早就知道大家的懷疑，并從身上拿出一封恐嚇信。

作為青色古堡的探險(xiǎn)事件的參考人，阿笠博士和少年偵探團(tuán)的各位被叫到了警視廳。隨后2億元搶劫事件的受害人東都銀行的增尾行長(zhǎng)也來(lái)了。增尾在給家里的妻子打電話時(shí)，電話的那頭傳來(lái)了慘叫聲。當(dāng)警方趕到增尾家時(shí)發(fā)現(xiàn)妻子加代已被人刺死！雖然看起來(lái)是外部的入室殺人，但在柯南的推理下最終發(fā)現(xiàn)了兇手殺人的事實(shí)。

柯南、小蘭和園子一起在天臺(tái)上等待看流星，和他們一起的還有三個(gè)東都大學(xué)研究所的學(xué)生，期間，野中和秋本去對(duì)面的電視轉(zhuǎn)播塔進(jìn)行攝影，臨走前秋本告訴他們會(huì)有人造衛(wèi)星經(jīng)過(guò)，讓他們注意觀測(cè)。過(guò)了一會(huì)，秋本從轉(zhuǎn)播塔那邊回來(lái)，留下野中一人攝影，就在大家看向?qū)γ娴臅r(shí)候，野中從塔上墜落，趕到現(xiàn)場(chǎng)后，他已氣絕身亡，這到底是意外事故還是有人蓄意謀殺？

園子和小蘭購(gòu)物結(jié)束坐公交的時(shí)候，有一位自稱(chēng)是設(shè)樂(lè)的老人坐在了小蘭旁邊，他說(shuō)自己認(rèn)識(shí)小蘭并打算去趟毛利偵探事務(wù)所，聊著聊著小蘭睡著了，醒來(lái)的時(shí)候老人已經(jīng)離去，可是小蘭卻很擔(dān)心老人的安危，執(zhí)意要去公車(chē)站找老人，這時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)小蘭的包里多了一張磁片，這張機(jī)密磁片的內(nèi)容到底是什么？老人又到底去了哪里？

九十九七惠通過(guò)妃英理的介紹來(lái)到毛利偵探事務(wù)所，她拜托小五郎幫她重新調(diào)查丈夫著名魔術(shù)師九十九元康的死因，一行人來(lái)到九十九家中，見(jiàn)到了元康的三個(gè)學(xué)生真田一三 、三好麻子和白地裕士，簡(jiǎn)單的照面之后，他們來(lái)到元康的死亡現(xiàn)場(chǎng)——地下室，柯南仔細(xì)進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)勘查，發(fā)現(xiàn)了電話上一串奇怪的數(shù)字，期間，小蘭對(duì)柯南起了疑心，而暗中觀察他，但柯南毫無(wú)意識(shí)。