30年前，莊堂胡桃被一位少年從車禍中救回一命，如今，她想把偶然中得的一億獎金轉送給自己的恩人，線索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海灘的記憶，期間，有兩名男子前來認領，為了辨認誰才是正牌貨，柯南他們來到了莊堂家，沒想到在這里碰到了正在追查快要超過追訴期的殺人案的目暮警官，因為那名兇手身上也有一道傷痕。當晚，小五郎泡澡的時候，發現管家保谷泰輔背上有一道傷痕，胡桃回憶中的少年究竟是誰呢？

在找到的眾多刀具中，并沒有發現婆婆半夜所打磨的刀，并且阿笠博士發現自己帶來露營用的錘子也不見了蹤跡，就在柯南思考兇手為何拿走錘子時，步美正準備向魚缸里倒水，他也由此而注意到了水位的下降，斷定兇器就在魚缸中，那么兇手就一定是他！期間，柯南還發現了婆婆幾十年前就離家的孫子翔太，許久未見，孫子又會以什么樣的表情面對婆婆呢？

少年偵探團、灰原與柯南等人發現小說家萬田年久的弟子原本高平在家中遇害。目暮調查了死亡推定時間內的不在場證明。萬田說他從昨晚起一直把自己關在旅館的房間內、案發時也沒出過房間。高木發現旅館和原本家確實很近。可是，島木說自己確實在旅館的候梯廳等萬田，而萬田的貓最終暴露了他犯罪的事實。而最終萬田也承認了自己的罪行。

竹內先生因為肇事逃逸而被檢察官拘留，可妃英理認為竹內既然是自首并主動承認罪行應該有被保釋的權利，之后，柯南和小五郎經過調查發現撞人的可能是竹內的妻子，于是，妃英理以此為籌碼再次要求放人，可沒想到的是竹內才被保釋出獄，他就在自家陽臺跳樓自殺，而目擊證人正是九條檢察官，為探尋真相，柯南和小五郎重返案發現場……

最有可能犯案的就是第一個沖進房間的染井社長，于是，高木打電話給公司，其中有同事表示曾在案發時間見過染井出入藥店，而這件事也從藥店員工那里得到了證實，這無疑是染井擺脫嫌疑的最好證明，可他為何只字不提？之后，柯南又注意到了桌子上的蛋糕，在他的提醒下，高木還原了被偽裝的案發現場，事已至此，染井主動承認自己的罪行，但柯南卻指出兇手另有其人。