鈴木次郎吉宅邸中的大保險(xiǎn)柜——鐵貍是由幕末的機(jī)關(guān)師三水吉右門衛(wèi)制造的無(wú)法攻陷的最強(qiáng)保險(xiǎn)柜。針對(duì)鐵貍，怪盜基德拋出了挑戰(zhàn)書，揚(yáng)言自己將打開(kāi)那個(gè)擊退了無(wú)數(shù)盜賊的堅(jiān)固門扉，然而在鐵貍外，次郎吉還安裝了與重量傳感器聯(lián)動(dòng)的防盜裝置，任誰(shuí)想要接近保險(xiǎn)柜都極其困難。在預(yù)告作案的當(dāng)天，中森警官率領(lǐng)警隊(duì)進(jìn)行了嚴(yán)密的布防，可是基德的第二封預(yù)告信還是出現(xiàn)在了保險(xiǎn)柜前，難道他已潛入宅邸？

在尸體旁邊的筆記本上死者留下了一個(gè)晦澀的死亡訊息，不論怎么想也理不出頭緒，之后，山村警官也趕來(lái)介入調(diào)查，他們將目標(biāo)鎖定在山下旅館投宿的三位客人當(dāng)中，就在這時(shí)，柯南像是想到了什么，他獨(dú)自一人返回山里并在一棵樹(shù)下挖出了白骨，于是他就在這里等待兇手自投羅網(wǎng)，然而，讓他沒(méi)想到的是對(duì)方居然帶領(lǐng)了一大波人……

超級(jí)粉絲庵野先生看過(guò)照片之后十分確定英祐的姐姐就是水無(wú)憐奈，他還特意播放了一段水無(wú)憐奈在火災(zāi)中獻(xiàn)血的的影像，但即便如此，英祐還是不承認(rèn)這個(gè)主播就是姐姐，因?yàn)樗驮o自己輸過(guò)血的姐姐的血型不同。幾日后，英祐再次來(lái)到事務(wù)所，說(shuō)自己會(huì)去奧平家取媽媽留下遺物，碰巧小五郎也正準(zhǔn)備去那里調(diào)查一年前發(fā)生的命案，于是，一行人來(lái)到奧平家，柯南從親子手冊(cè)上確定了英祐的血型，而另一邊，小五郎也展開(kāi)了調(diào)查。

步美發(fā)現(xiàn)圖書館的書被人撕掉了一頁(yè)，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒(méi)上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來(lái)到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲(chóng)時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲(chóng)的貨車到達(dá)。垂水打開(kāi)貨車上的箱子，螢火蟲(chóng)便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來(lái)。元太為了要抓螢火蟲(chóng)，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲(chóng)時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來(lái)的電話，說(shuō)中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲(chóng)。。。