超級粉絲庵野先生看過照片之后十分確定英祐的姐姐就是水無憐奈，他還特意播放了一段水無憐奈在火災中獻血的的影像，但即便如此，英祐還是不承認這個主播就是姐姐，因為她和曾給自己輸過血的姐姐的血型不同。幾日后，英祐再次來到事務所，說自己會去奧平家取媽媽留下遺物，碰巧小五郎也正準備去那里調查一年前發生的命案，于是，一行人來到奧平家，柯南從親子手冊上確定了英祐的血型，而另一邊，小五郎也展開了調查。

工藤收到屋田誠人的信，信上說他一年前辦的案子有差錯讓他重新調查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個村莊。柯南只身來到了信上所說的地址，不想被關進了小木屋，就在這時，他因為誤食解藥的身體開始發生變化，逃脫期間掉進了旁邊的湖里，被人發現時他已經失去記憶。為了讓他想起過去，服部一行帶著新一來到了當時的案發現場日源村長家，并在這里碰見了記者河內深里以及屋田誠人的同學水川萌生。

兇器是房間工具箱里的錘頭，并且柯南還發現每個人的房間都有薰衣草和工具箱，到底是誰做出這種安排？又是出于什么目的呢？既然是無人島，那么兇手一定就是這棟房子中的一人，之后柯南他們又對供電的小房子進行了調查，然而根據所找的線索，柯南，服部和白馬探每個人鎖定的嫌犯都不相同，即便如真相也只有一個！

這天小五郎和柯南看到警車駛過，便和目暮警官一同趕往殺人現場。原來是公寓的某屋內發現了小說家齊川村子的尸體。死因是頭部被物品打擊致死。發現尸體的是迷宮出版社的編輯遠野舜一和公寓管理員村田啟三。遠野說齊川之前收到了恐嚇的明信片。而在警方的調查下柯南最終發現了犯人的真面目。

死者鍛吾是被人捆綁溺斃在泳池中而死，他的一只手上還戴有前管家的手套，作為父親的角藏認為兇手就是這棟宅邸中的某個人，聞聽此言，小五郎便做出不可能是家人犯案的結論，可是當晚，角藏的房間里就傳出花瓶摔碎的聲音，當大家趕到時，角藏已上吊身亡，在案發現場高木警官發現疑似角藏所留下的死亡訊息。