某天，小說家任太朗的女兒香保里來到小五郎的事務(wù)所，拜托他找兩個月前留下紙條就突然失蹤的父母，可奇怪的是任太朗每個星期連載的小說卻會按時傳真到出版社，于是，柯南一行人趕到出版社，看到任太朗的原稿后，大家找到了幾點難以理解的部分，然而這些就是拯救任太朗的主要線索，柯南從小說中讀出了任太朗留下的消息，但歹徒的目的到底是什么？

在插花藝術(shù)家岡野利香的個人紀(jì)念發(fā)表會上，酒店的經(jīng)理白木突然離奇死亡，柯南注意到白木胸前的花，在偷偷潛入岡野利香的房間后，成功找到氟化氯和氫酸硅化物，看來兇手還要繼續(xù)殺人，當(dāng)柯南看到舞臺岡野利香用以表演的花朵時，便急忙阻止它們綻放，因為白木死亡的秘密就藏在這些花朵之中。

靜岡縣的橫溝警官特地找到小五郎拜托他調(diào)查一起怪異的案件，此次案件的受害者是演員小宮山，雖然被害者只有一名，但是前來自首說自己是兇手的卻有三人并且這幾人都有理有據(jù)的說出了自己的動機和行兇方式，由于事情緊急，橫溝希望小五郎可以盡快做出推理。趕到案發(fā)現(xiàn)場時，柯南再次對證人進(jìn)行詢問，并得知了事情的真相，兇手是自首三人中的一人？還是另有神秘四人？

平次與和葉為代替母親參加朋友的婚禮而來到東京，就在大家一起游覽東京的時候，與即將舉行婚禮的森園家的管家重松相遇，在他的要請下，柯南一行人來到森園家，不幸的是，重松當(dāng)晚不知被何人在密室所殺，事情還沒有一個結(jié)果，大批媒體卻蜂擁而至，警方也趕來介入調(diào)查，這時，和葉發(fā)現(xiàn)片桐風(fēng)和櫻庭帶著同樣的墜子。

就在警察找不到任何線索想要以自殺結(jié)案時，柯南把在案發(fā)第一現(xiàn)場找到的領(lǐng)帶別針交給警方，這就推翻了自殺的說法，但想要抓到兇手，還需要找到更加有決定性的證據(jù)。這時，柯南注意到了在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)的繩子，他突然想到什么，就跑到旁邊的枯井，一切不出他所料，兇手就是那個人，他再次將小五郎麻醉，揭秘流傳至今的五重塔傳說以及兇手！