按照慣例，家里如果有人死去就要演奏安魂曲，于是，羽賀開始了他的演奏，就在大家沉浸于琴聲之中時，蓮希的奶奶突然從樓上墜落，警方在案發(fā)的房間里發(fā)現(xiàn)了被摔壞的仿品斯托拉地巴力毆斯以及窗邊的椅子，于是認(rèn)為，蓮希奶奶很有可能是自殺，但是一夜之間發(fā)生兩起命案，并且死者都是在密室中死亡，難道是小提琴的詛咒再次應(yīng)驗(yàn)？

與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來過的便利店，并得知她在這里買了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時，由美出現(xiàn)……

某個炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊(duì)來到山里采集昆蟲，期間，博士出了一道暗號讓他們進(jìn)行尋寶，內(nèi)容是“丸蟲、家、帳篷”沒想到這個暗號居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說她們那里發(fā)生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。

隔壁班的女生百合子找到少年偵探團(tuán)，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時鐘的男人的帶領(lǐng)下來到了謎題的所在——天使之館，當(dāng)晚九點(diǎn)，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無角牛，可是卻沒有更進(jìn)一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個角度思考謎面，并成功找到了第一個線索，沒想到這時卻……

水中逃脫魔術(shù)失敗的冬城在水槽內(nèi)明顯是筋疲力盡而小五郎，柯南，目暮警長等人則在錄像中確認(rèn)了當(dāng)時的情況。冬城的死因確定是溺死，但到底這是事故，還是誰事先策劃的謀殺卻不得而知，這時小五郎卻發(fā)表了自己的推理，但很快被推翻。而在調(diào)查了現(xiàn)場之后柯南最終確定了犯人的身份，“沉睡的小五郎”也最終在眾人面前揭露了犯人的真面目。