為了做天體觀測，阿笠博士帶著少年偵探隊來到一個坐落在深山里的旅館，期間結(jié)識了旅館老板天土，以及應(yīng)邀而來的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準備上山看星星的時候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當晚，二川的尸體被少年偵探隊發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。

警方聽過答錄機里的留言后，分別向留言的蓬田、檜垣和稻葉打電話確認，發(fā)現(xiàn)每個人都有不在場證明，雖然警察沒有頭緒，但柯南卻早已知道兇手是誰，可介于小林老師的暗中觀察，柯南不能表現(xiàn)的太過明顯，于是，他將自己的推理簡單告訴元太他們，讓他們分擔(dān)必要的說辭，提醒警察逐一排除其他兩名嫌疑人犯案的可能，那么，最有可能犯案的就是他！

某天，一個自稱杉森政人的作家找到小林老師，說想要采訪少年偵探團，得知這個消息后，元太、步美和光彥三人盛裝打扮，大家在小林老師的帶領(lǐng)下來到了杉森家，卻發(fā)現(xiàn)他的頭部遭人重擊，已死于家中，警方經(jīng)過調(diào)查將嫌疑人士鎖定于在答錄機中留言的四人，而在這期間，讓柯南頭大的不止有案情還有一臉疑惑看著柯南推理的小林老師。

笹本安太郎和神尾總是遭到大學(xué)時期同在推理研究會的日影的襲擊，因為實在無法忍受這種恐懼，在笹本的提議下他們找到了小五郎，神尾說日影曾寄給他一份小說的原稿，而里面的內(nèi)容完全是如何殺人，而且他們的另一位同伴就死于小說中的手法，調(diào)查期間，神尾遭到炸彈襲擊， 笹本則差點被車撞傷，就在警察將注意力都放在搜索日影時，柯南卻認為兇手另有其人。

這天小五郎回到事務(wù)所后小蘭告訴他說說英理前來拜托希望在她出門的這段時間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍貓寄養(yǎng)在事務(wù)所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學(xué)了。在她走后，有一個自稱為桐下的男人來到了事務(wù)所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來的手機短信。因為短信的內(nèi)容像是什么暗號，桐下無法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號的意義。