與這起密室殺人事件有關(guān)的三人都被問(wèn)話，柯南對(duì)這起在自己身旁發(fā)生的殺人事件已經(jīng)有了眉目，但在波本面前他沒(méi)有辦法利用麻醉槍。無(wú)法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導(dǎo)，而在這場(chǎng)推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個(gè)悲傷的故事。

為了趕上先搭上巴士前往滑雪場(chǎng)的少年偵探團(tuán)一行人，柯南和灰原只好請(qǐng)昴先生駕車(chē)前往，途中他們巧遇高木警官，正在和高木警官談話的時(shí)候事件發(fā)生了。趕往現(xiàn)場(chǎng)后他們看到了從公寓高樓墜落的遺體，案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)附近發(fā)現(xiàn)又三人認(rèn)識(shí)墜落的男子，在搜查之后啤酒的泡沫、咖啡的熱氣和未燃完的香煙成為了三人不在場(chǎng)證明的證據(jù)。

毛利偵探事務(wù)所突然出現(xiàn)了一個(gè)帶著手槍和炸彈的男子，他將小五郎、小蘭和在之前案件中結(jié)識(shí)的小蘭的新同學(xué)世良真純都挾持成人質(zhì)。這個(gè)名為沢栗熏的男子是一個(gè)月前在溫泉旅館自殺的推理小說(shuō)家沢栗未紅的哥哥，他因?yàn)椴幌嘈琶妹玫乃朗亲詺ⅲ虼饲皝?lái)要求沉睡的小五郎替他解開(kāi)案件背后的真相，而他所帶來(lái)的三位女士也正是他懷疑的對(duì)象，他揚(yáng)言找到真兇后自己將會(huì)與對(duì)方同歸于盡，面對(duì)如此棘手的案件，柯南該如何解決平安救人質(zhì)？

帶走柯南的女子真名是蒲川情奈，她是被三名強(qiáng)盜殺害的銀行員賢也的女友，為了替賢也復(fù)仇的她一再犯下罪行。同一時(shí)間小五郎等人借助安室的推理逐漸逼近事件的真相，并馬上前往最后一位搶劫犯的住處，另外阿笠博士和世良等人也趕了過(guò)來(lái)，而柯南已經(jīng)跟著情奈前往可能是最后一位搶匪的三位女性那里。

正在進(jìn)行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車(chē)到達(dá)名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來(lái)，在他們四處尋找線索的時(shí)候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對(duì)不能以這種摸樣被人殺害。