小蘭的同學(xué)直子被綁架，當(dāng)歹徒發(fā)現(xiàn)有警察時，便放棄交易開車沖進(jìn)海里，直子再次下落不明，直子父親的秘書花井很是擔(dān)心。某日，小五郎突然接到不要在調(diào)查此事的要求，柯南察覺事有蹊蹺，暗暗潛入直子家后聽到了花井和直子爸爸的談話，原來直子的爸爸再次接到歹徒電話，但他卻不愿花五億保女兒的性命，這讓花井很生氣，柯南躲在后備箱里，跟著他們來到交易場所，見到了所謂的「歹徒」。

清潔公司的董事藤井被樓上掉下的重物砸死，警察在尸體旁邊發(fā)現(xiàn)了一個沒有指紋的口風(fēng)琴，柯南認(rèn)為這并不是簡單的意外事件而是謀殺，警察去清潔公司社長中山的辦公室進(jìn)行調(diào)查時，這里的監(jiān)視器引起了柯南的興趣，在對監(jiān)視器進(jìn)行了簡單的操作后和攝影內(nèi)容簡單回查后，兇手浮出水面。

少年偵探團(tuán)在兒童跑腿活動中，充當(dāng)活動記錄。一行人跟在兒童小宏后面攝影，可是小宏總是亂跑，期間還曾跑進(jìn)過，一幢將要拆掉的廢棄大樓里，小宏在躲過了兩次人為制造的意外后，被人擄走，柯南從記錄的中發(fā)現(xiàn)了蛛絲馬跡，他們來到廢棄大樓，并在地下室找到了小宏和一具尸體，這時，兇手將少年偵探團(tuán)關(guān)到樓中，而外面拆除大樓已經(jīng)開始，少年偵探團(tuán)能否逃過一劫？

少年偵探團(tuán)到商場看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場里的假面超人簽名被關(guān)在了已經(jīng)打烊的店里。誰知外表看似寂靜的百貨公司實際上卻一點也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛(wèi)和工作人員！看似單純的強(qiáng)盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強(qiáng)盜集團(tuán)的少年偵探團(tuán)正陷入極度的危險之中！最終少年偵探團(tuán)的孩子們成功的化解了百貨公司的危機(jī)。

麗花身上有被捆綁的痕跡，柯南在調(diào)查中扭開水龍頭的時候，發(fā)現(xiàn)水居然是從蓮蓬頭流出，確定了兇手之后，接下來就是找證據(jù)，柯南麻醉小五郎，借助小五郎的聲音讓三船、五條、六田、一枝脫下外套，更加確定了自己的推測，在黑暗的別墅中，柯南指出兇手，而兇手的殺人動機(jī)則源于兩年前。