石敢當和朱家兄妹被小相國寺的住持給收留了下來。朱玉蓮上街回到山上，告訴哥哥和石敢當，現在大降大雨，外面街道上還出現了一條龍，街道上面都被淹沒了。石敢當覺得自己必須出手，想辦法救開封府的百姓。朱半斤卻覺得自己還是少管閑事的好，就算石敢當有一點功力，也不是一條龍的對手。土地老兒忽然出現，說出了石敢當的身份，并且哀求石敢當出去救救開封府的百姓。土地還說土行孫表示只要石敢當在開封府中，肯定沒有問題，而且這個劫難也只有石敢當才能夠化解。幾個人正在說話，忽然天上有龍神出現，正是當初的敖申，敖申管皇帝要九百九十名陽男，九百九十九名姹女，九百九十九名童男，九百九十九名童女，總共是三千九百九十六之數，要皇帝必須在十天里面交出來，否則自己就淹沒整個開封府，殺死所有人。石敢當半夜里睡不著覺，認為自己必須出手對付這些惡人，幫助皇帝，哪怕皇帝當初迫害過自己，自己也必須挺身而出。朱半斤雖然極力反對，但是朱玉蓮卻贊成石敢當的作為。皇帝正在拜神求佛，此時太上老君忽然出現，告訴皇帝只有泰山石圣石敢當才能夠挽救這場災難，他現在就在開封府中。皇帝開始在城中尋找石敢當的下落。石敢當來到了皇宮里面，得知皇帝之前和妖怪并沒有恩怨

三百年后，劫數一到，奎剛便聚集眾妖準備殺入三界奪取天庭。一條巨蟒在冥界作亂，它害得投胎之鬼出不去，陽間魂魄進不來，秦廣大王趕緊一探究竟，發現確是一條巨蟒在作亂，還留下三界浩劫，無人能逃的字樣。天庭的蟠桃突然一夜之間枯爛壞死，桃樹全都連根腐爛且之前查不出任何異象，在臨近蟠桃大會之際發生這樣的事情，玉帝打算不舉行蟠桃盛會。其中一名神仙表示蟠桃大會是歷年盛會，如果不辦會使天界不安，現在蟠桃突然一夜枯爛，只能拿太上道祖的仙丹舉辦一個丹元盛會，玉帝點頭應允。重華宮關著的妖怪突然發出巨大的聲響，結合近日天庭的一幢幢怪事，玉帝意識到是劫數到了。黑袍護法帶著眾妖殺入天庭，玉帝勸眾神不要與妖怪們戰斗，既然是劫數就不能躲，自會有人幫助他們渡過難關。奎剛進入凌霄殿，有兩位神仙擋住他的去路，奎剛穿過他們的身體，之后兩位神仙便化作齏粉而死。玉帝深知這是劫數躲不過，他當著大家的面放棄玉帝之位，入釋凡家。太上老君也意識到劫數的來臨，他囑咐弟子之后他會化成一粒清丹，讓弟子把清丹交給武圣石敢當。奎剛來找太上老君，他勸太上老君歸服于他，太上老君不肯，之后化成一粒清丹，等奎剛走后，太上老君的弟子出來撿起清丹，他趕緊想辦法逃

玉帝封敖申為黃河龍神，敖申情緒激動地哭了出來。封禪典禮結束后，石敢當、朱半斤、敖申與楊戩、哪吒聚在一起聊天，哪吒的師父與楊戩是好友，因此他一直稱楊戩為師叔，而石敢當是楊戩的徒弟，哪吒便讓石敢當不要見外，與他兄弟相稱即可。聊天時敖申卻一直緊鎖眉頭不言不語，石敢當問他有何煩心事。敖申告訴石敢當，玉帝封他為黃河龍神，不禁讓他想起姑父黃河龍伯，以前黃河由他的姑父掌管，可他的姑父卻被武德星君誣陷，最后含冤而死。石敢當向敖申詢問黃河龍伯被冤死的具體原因，敖申告訴他們，自己是北海龍王敖閏的兒子，但因為是庶子，所以從他出生起，敖閏就討厭他。有一天敖申與手下在外散步，遇到了騎馬奔馳的武德星君的兒子武吉，囂張跋扈的武吉諷刺敖申不過是個庶子，在北海沒有任何地位，氣急的敖申出手傷了武吉。晚上武德星君便闖入北海龍宮向敖閏告狀說敖申將他的兒子打成重傷，并要求懲罰敖申，敖閏叫來敖申當面訓斥了他一頓，并讓武德星君親自責罰敖申，要殺要剮都隨便。本來與父王關系就不好的敖申當場與敖閏斷絕父子關系并跑去黃河投奔姑父，黃河龍伯得知此事后幫敖申在黃河申請了一個天職，武德星君要抓敖申必須要經過雷聲普化天尊的同意才可以。雷聲普化天尊

石敢當告訴喬靈兒，他是妖魔奎剛的法身，所以自己要把他帶到天庭交給玉帝。喬靈兒不明白自己明明經常做善事，為何還會是妖魔的法身，他不肯跟石敢當走。石敢當表示如果他肯去天庭一趟，自己愿意幫他實現幾個愿望，喬靈兒要求石敢當帶他去蓮花寨探望白蓮花。哪吒成功地從阿修羅界逃出來，奎剛讓假哪吒帶著手下去抓真哪吒回來。盡管哪吒身上的風火輪、混天綾等兵器都落入假哪吒之手，但哪吒靠控制混天綾將假哪吒綁了起來，再一次成功逃脫。哪吒看到一處山洞，為了躲避追兵便進去歇息，進山洞后，他發現里面除了一個棋盤就是遍地的白骨。這時一個白發老頭過來告訴他，進來這山洞里就必須要下完這盤棋，否則硬闖也出不去。白發老頭名叫共工，哪吒想起來他是當年撞斷天柱的水神共工。共工表示自己撞斷天柱后，惹怒了當時的天帝，天帝將他打入不周山底看押反天英雄刑天的無頭尸身及兵器巨斧。刑天當時看不慣天帝少昊，他認為少昊沒有掌管天庭的能力便起義要奪天帝之位，結果被天帝砍掉頭，盡管如此刑天依舊站立不倒。麻衣大神偷偷地對刑天說，雖然沒有頭，但他依舊可以殺天帝，刑天卻因這句話倒下了。后來麻衣利用刑天巨斧將天帝少昊殺死，當時天庭里一派支持玉帝即位，一派擁護麻衣

石敢當與敖申決定先去鹿兒家休息一晚，隔天再起早去救半斤與玉蓮。鹿兒把二人帶回家并為他倆做了參雞湯，石敢當問鹿兒是否知道軒轅洞的具體位置，鹿兒當即搖頭表示自己不知，隨后石敢當與敖申覺得身體有些不適，原來這個鹿兒是巨蝎假扮的。巨蝎現出原形并諷刺石敢當與敖申愚蠢，蜃也來到此地打算殺死二人，殊不知石敢當與敖申根本沒有上巨蝎的當。石敢當早在下午救下假鹿兒時便識破了巨蝎的詭計，他將計就計只為救出真鹿兒，巨蝎與蜃本以為此次能殺害石敢當一行人，沒想到反被石敢當所傷，蜃與巨蝎只好趕緊逃走。石敢當與敖申在樹林里救出被綁的真鹿兒，鹿兒趕緊將二人帶回家中休息，石敢當向她提起軒轅洞的事情，鹿兒表示自己自幼便生活在昆侖山，她明天可以為二人引路。石敢當與敖申打算進入軒轅洞去取盤古開天鉞與天鏡盾，鹿兒告訴他們守在軒轅洞門口的是一個名叫三頭雷的怪物，三頭雷有三個獅頭，連神仙都治不了它，但它酷愛人參，他們可以拿人參吸引三頭雷的注意力，再利用隱身草進入軒轅洞。隔天鹿兒將他們帶到了軒轅洞門口，石敢當與敖申利用鹿兒教給他們的方法成功進入軒轅洞并取出了盤古開天鉞與天鏡盾，出來時他們險些被三頭雷發現，多虧鹿兒提醒他們利用隱身草才逃