平次與和葉為代替母親參加朋友的婚禮而來到東京，就在大家一起游覽東京的時候，與即將舉行婚禮的森園家的管家重松相遇，在他的要請下，柯南一行人來到森園家，不幸的是，重松當(dāng)晚不知被何人在密室所殺，事情還沒有一個結(jié)果，大批媒體卻蜂擁而至，警方也趕來介入調(diào)查，這時，和葉發(fā)現(xiàn)片桐風(fēng)和櫻庭帶著同樣的墜子。

原來這名行跡可疑的女士是柯南的媽媽有希子，她將此行的目的告訴柯南后，大家就一起聚到休息室聽小五郎的推理，期間，警察在隧道里淺間的尸體上發(fā)現(xiàn)了膠帶碎片，突然靈光一現(xiàn)，柯南知道了誰是兇手以及他的犯案手法，卻苦于沒有證據(jù)，按照小說的劇情，柯南還有被殺的可能，苦惱之時，有希子提議干脆將計就計讓兇手自己現(xiàn)身，于是一場揪出兇手的好戲上演。

九十九七惠通過妃英理的介紹來到毛利偵探事務(wù)所，她拜托小五郎幫她重新調(diào)查丈夫著名魔術(shù)師九十九元康的死因，一行人來到九十九家中，見到了元康的三個學(xué)生真田一三 、三好麻子和白地裕士，簡單的照面之后，他們來到元康的死亡現(xiàn)場——地下室，柯南仔細進行現(xiàn)場勘查，發(fā)現(xiàn)了電話上一串奇怪的數(shù)字，期間，小蘭對柯南起了疑心，而暗中觀察他，但柯南毫無意識。

次日，大家來到傳說有幽靈的飯店，園子因沒有休息好而一人留在車上休息 ，用餐結(jié)束的時候，柯南看到車子居然開始沿路向懸崖的方向下滑，柯南和小蘭急忙跑去追車子，所幸在墜落之前將園子救出。因為有了陰影，園子要走了去警察局，可是路上卻被不明人士跟蹤，道脅提議兵分兩路，小蘭和柯南將跟蹤狂制服，沒想到這個人居然是……而柯南突然意識到園子有危險，當(dāng)他們趕到時，園子已經(jīng)被歹徒持刀相向……

少年偵探隊為準(zhǔn)備兒童大會要表演的布偶戲，隨一個叫海部大學(xué)生去霧之丘高原進行特訓(xùn)，可是當(dāng)晚柯南發(fā)現(xiàn)同他們一起來的小朋友和相應(yīng)的布偶都不見了，就在柯南和光彥去二樓進行調(diào)查的時候，元太和步美也突然失去了蹤影，因為電話線被不明人士割斷，兩人跑到離這里最近的另一家民宿，卻看到……