小五郎和柯南準(zhǔn)備外出吃飯的時(shí)候正巧看到了交通事故，駕駛車輛的是菊池俊明，而被撞死的人是他的熟人堤先生，看到堤的尸體后菊池痛哭流涕，而警方在堤的外套里找到了一封遺書，據(jù)此將這起事故作為自殺案件處理。菊池的舉動(dòng)和現(xiàn)場(chǎng)的細(xì)節(jié)引起了柯南的懷疑，他知道這并不是一起自殺案件。

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對(duì)職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對(duì)象，三人計(jì)劃在倉庫抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時(shí)，谷崎生前研究的老鼠機(jī)器人引起了柯南的注意。

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

平次與和葉邀請(qǐng)小蘭和柯南一起去看彩燈，在等小蘭與和葉準(zhǔn)備晚飯的期間，平次和柯南去樓下的白羅咖啡館打發(fā)時(shí)間，不料卻恰好遇到了一起殺人未遂的案件。受害者雖沒有生命危險(xiǎn)，但血跡卻濺到了柯南和平次的臉上，二人本以為可以通過血跡找到真兇，萬萬沒想到店內(nèi)的幾個(gè)客人身上均未發(fā)現(xiàn)血跡。正當(dāng)案件調(diào)查一籌莫展時(shí)，店內(nèi)一名自稱和田進(jìn)一的男子突然念起一首和歌，平次和柯南馬上明白了此人的用意，并合力找出了真兇。

佐藤警官開始調(diào)查兇殺案的現(xiàn)場(chǎng)，她盤問過從旁邊廁所出來的三人，但三人都有不在場(chǎng)的證明。小蘭借口要去洗手間，獨(dú)自一人跑到比賽場(chǎng)館內(nèi)開始進(jìn)行調(diào)查。之后平次的對(duì)手沖田總司發(fā)現(xiàn)了一個(gè)可疑之處，兇手穿著的護(hù)具和道服都沾上了血跡，袴的正面卻沒有一絲血跡，背面卻被濺上了血。在現(xiàn)場(chǎng)的那位失明老人也想起了案發(fā)時(shí)他曾聽到有人用關(guān)西腔打電話，平次憑借這些信息大概掌握了兇殺案的真相。"