對時(shí)鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會上被刺身亡。在調(diào)查來賓是古垣透露出犯人肯能是個(gè)胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽到大時(shí)鐘的零點(diǎn)報(bào)時(shí)后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報(bào)時(shí)的大時(shí)鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認(rèn)了因?yàn)闉楹糜褕?bào)仇而殺人的事實(shí)。

遭到魔犬追擊的和葉和小蘭趕緊跑到屋里躲起來，沒過一會，魔犬就消失了蹤影只留下一串火腳印，以此同時(shí)，從佐紀(jì)案發(fā)現(xiàn)場找到玻璃球的柯南等人也趕來宅邸，據(jù)和葉和小蘭回憶她們當(dāng)時(shí)不僅聞到了洋蔥味還看到腳印在跳動(dòng)，這時(shí)，養(yǎng)子知晃說起了美我子溺斃沼澤旁邊的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼澤進(jìn)行查看，沒想到魔犬再次出現(xiàn)。

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)到深山里挖竹筍的時(shí)候，車子突然出現(xiàn)故障，柯南等人被迫留在深山之中。為了避雨而來到這里別墅區(qū)的少年偵探團(tuán)被一陣鋼琴聲所吸引，于是，大伙兒進(jìn)入這棟別墅，雖然這里有人生活的痕跡卻沒有看到半個(gè)人影，而且留在現(xiàn)場的日記還寫著可怕的內(nèi)容，之后大家決定找出日記中出現(xiàn)的被綁架男孩，這時(shí)，屋內(nèi)突然停電，伴隨著少年偵探團(tuán)的恐慌鋼琴聲再次響起。

園子的次郎吉叔祖父要舉辦龍馬展，而怪盜基德則發(fā)出了預(yù)告狀。但奇怪的是這次基德發(fā)出的是歸還物品的預(yù)告狀！而從叔祖父那里園子他們了解到這次次郎吉只是借出了博物館場地，而展覽的主辦發(fā)則是樽見。為了對抗基德，幾次郎在展覽場地安排了特別“基德歸還處”就在眾人在處處提防怪盜基德的時(shí)候柯南發(fā)覺了基德指定的日期是雨天。但基德的用意究竟何在？

柯南并沒有從步美找到的照片中發(fā)現(xiàn)重要的線索，便將破案的關(guān)鍵再次鎖定日記，仔細(xì)反復(fù)查看之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的端倪，于是，他再次來到琴房確認(rèn)自己的發(fā)現(xiàn)，沒想到步美等人放在門口的背包不翼而飛，而且大家還注意到了鋼琴旁邊凳子的變化，一切如柯南所料，他讓步美、元太和光彥等人高唱?dú)g快的歌曲，果然將躲在黑暗中悄悄觀察他們的人揪了出來。