新田太太在路上偶遇買蛋糕的柯南和小五郎，于是，她急忙將小五郎拉到自己鄰居山本的住所，拜托他處理山本自殺的案件。從現場來看，死者山本是坐在沙發上，嘴巴大張用自己的改裝手槍結束生命，同時在扣動扳機的瞬間也打破了裝有蝴蝶的恒溫箱，柯南認為這是一起謀殺案，但是兇手是如何讓死者嘴巴大張，從而營造出自殺狀態？

阿笠博士帶著少年偵探隊來到岡山縣倉敷市展開了一場古代史之旅，他們在這里結識了因同學會而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來的暗號進行尋寶時，卻發現那五人中的一人突然死亡，另外一個則被當做重要關系人接受調查，根據少年偵探隊所找到的時光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個時光保存罐。

警方并沒有找到柯南等人看到的當時那名男子所穿的灰色外套和背包，就在高木和佐藤準備離開的時候，已經知道兇手手法的柯南有意向他們做出暗示，根據柯南的提示警方破解了兇手制造不在場證明的手法，因此，加藤終究難逃法網。破案之后，高木警官決定在離開之前向佐藤警官表白，可是話剛到嘴邊，目暮警官就突然出現并告訴他……

搞笑藝人廣松晨跑的時候發現了一具尸體，驚慌失措的他便匆忙報警，不想他這個第一發現者卻成了最大的嫌疑犯，因為尸體擺出的剪刀手正好與廣松的藝名一樣，高木警官了解案情之后，認為自己的朋友絕對不會殺人。另一方面，柯南從死者的朋友那里得知了一些關鍵信息，于是在他的引導下，一心想要幫朋友洗清冤屈的高木警官推理出了這個讓人心酸的真相。

按照慣例，家里如果有人死去就要演奏安魂曲，于是，羽賀開始了他的演奏，就在大家沉浸于琴聲之中時，蓮希的奶奶突然從樓上墜落，警方在案發的房間里發現了被摔壞的仿品斯托拉地巴力毆斯以及窗邊的椅子，于是認為，蓮希奶奶很有可能是自殺，但是一夜之間發生兩起命案，并且死者都是在密室中死亡，難道是小提琴的詛咒再次應驗？