服部把武田家的人和羅伯叫到發(fā)生兇案現(xiàn)場的二樓倉庫，柯南將小五郎麻醉，在黑暗之中道出兇手所使用的手法，當(dāng)被問及兇手是如何在這個(gè)形如密室中的倉庫作案時(shí)，柯南的回答卻是兇手根本沒有出現(xiàn)在兇案現(xiàn)場，那么兇手到底如何作案？信一為何會虐待自己的女兒美紗？美紗自殺的真正原因到底什么？是怎么樣的誤會導(dǎo)致武田家頻頻出現(xiàn)慘案？

少年偵探團(tuán)一大早搭乘開往米花樂園的電車，當(dāng)柯南以為沒人和他們一樣時(shí)，就來了三個(gè)大學(xué)生也上了這趟電車，他們是鐵道研究社的，來這里是為了拍攝地上電車的照片，期間，川崎下車去前方拍攝行駛的電車，可就在電車急速向前時(shí)，他突然從梯子墜落到鐵軌上，幸虧司機(jī)及時(shí)剎車，他才得以保住一命，然而大家剛松了一口氣，卻發(fā)現(xiàn)堀井橫尸車廂……

小五郎因趕著去看洋子演唱會，從樓上摔下而骨折，和他同病房的有一個(gè)老人和因車禍?zhǔn)軅哪贻p人。某天，柯南和朋友們?nèi)メt(yī)院看望小五郎時(shí)，碰見老人的兒子關(guān)口，當(dāng)大家討論起近期發(fā)生的銀行搶劫案時(shí)，關(guān)口和同病房的年輕人都神色怪異，注意到這點(diǎn)的柯南，暗中觀察得知關(guān)口被那伙銀行強(qiáng)盜威脅，但最終在柯南和少年偵探團(tuán)的幫助下，關(guān)口的女兒得以解救。

和葉被人帶走不知去向，與此同時(shí)，柯南、服部和小五郎三人正對信一的死亡現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查，期間，女傭鹽谷給他們送來宵并講述了三年前所發(fā)生的事情。當(dāng)?shù)弥腿~被人擄走消息后，大家分頭尋找，最終在倉庫里找到了纏滿細(xì)線的和葉，所幸生命沒有受到威脅。之后，柯南和服部又發(fā)現(xiàn)了襲擊和葉用的電擊棒和BB彈，再次返回案發(fā)現(xiàn)場又找了新的線索，兇手就是那個(gè)人沒錯！

貴和子的未婚夫雅彥打來電話希望朋友們可以把保險(xiǎn)證送到醫(yī)院，于是，一群人便驅(qū)車趕往醫(yī)院，途中柯南從小蘭和她媽媽妃英理的談話中得到啟示，趕到醫(yī)院時(shí)貴和子還沒有脫離危險(xiǎn)，柯南麻醉小五郎后，讓大家來到院長室將整個(gè)案件的來龍去脈詳細(xì)分析，并找出了蓄意謀害貴和子的兇手。