大家找到校長詢問他下雨的時候是否出現在操場，沒想到卻得到了否定的回答，為了證實校長的說法，柯南又來找了在保健室休息的世古國繁，因為他與保坂從小一起長大，所以又了解了更多關于保坂的事情，這時，小蘭在走廊的木板上發現污漬，柯南將這些污漬與操場上出現的刮痕相聯系，沒錯，制造靈異事件的就是那個人!

應社樂蓮希小姐的邀請，柯南等人來到音樂世家社樂調一郎的公館，蓮希拜托小五郎調查因名琴——斯托拉地巴力毆斯所引起了一連串詭異事件，然而，就在他們談論此事時，旁邊的別館火舌繚繞，在那里小憩的弦三郎也因此喪生火海，大家又重回原來的房間，柯南卻發現了奇怪的煙蒂，在與火樓里的煙蒂對比以后，柯南認定這并不是意外而是故意殺人，并且還將會出現下一個被害者。

柯南和服部必須在第九局下半場前解開暗號，可是時間已經不多，這個空白暗號到底代表著什么，這時，柯南靈光一現想起了看臺上所缺少的17和22號門，但情況危急，必須爭分奪秒，之后服部和柯南推斷出了暗號所指的位子，沒到竟然就在小蘭她們附近，三人緊忙跑去，果然找到了第三支手機，根據手機上的數字，柯南很容易就找到了這個甲子園惡魔的位置，而他又有什么樣的苦衷？

小五郎要去參加米花街業余文藝會演，于是便與柯南，目暮警官和街道主管上島長郎一同前往會場。途中，小五郎等人順路去了目黑美彌開的飯館。大會結束后，只剩下了有人找的市松留了下來。小五郎，上島等人則去咖啡館“meruhenn”繼續第二攤。不久后目暮警官卻接到電話報告說市松被刺！最終在柯南的推理下終于揭開了事件的真相。

阿笠博士帶著少年偵探隊來到岡山縣倉敷市展開了一場古代史之旅，他們在這里結識了因同學會而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來的暗號進行尋寶時，卻發現那五人中的一人突然死亡，另外一個則被當做重要關系人接受調查，根據少年偵探隊所找到的時光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個時光保存罐。