破解密碼后，元康留下的線索居然是……案件解決之后，小蘭找借口把柯南帶到了工藤家，并戳穿柯南就是新一的身份，這時(shí)，工藤的母親有希子從美國(guó)回來，在她的幫助下，柯南逃過了小蘭的質(zhì)問。 次日，有希子帶柯南來到鄉(xiāng)下，原來她是受兒時(shí)朋友廣美所托，來鑒別剛從巴西回來的叔父義房的「真假」，晚上，義房說他早就知道大家的懷疑，并從身上拿出一封恐嚇信。

因?yàn)榭履喜聦?duì)了海豚旅行團(tuán)所出的謎題，于是，為三人贏得了一次免費(fèi)乘坐交響樂號(hào)去小笠原的機(jī)會(huì)，能登上這艘船的只有十名乘客，在登記途中，小五郎碰見了老警察鮫崎，但聽乘務(wù)員說這艘船上還有第三名偵探，小蘭和柯南也無意中發(fā)現(xiàn)了這次活動(dòng)的組織古川，夜晚，大家聚在一起討論此次前來的乘客，當(dāng)聽到葉才三這個(gè)名字時(shí)，每個(gè)人都面露驚訝之色。

園子和小蘭購物結(jié)束坐公交的時(shí)候，有一位自稱是設(shè)樂的老人坐在了小蘭旁邊，他說自己認(rèn)識(shí)小蘭并打算去趟毛利偵探事務(wù)所，聊著聊著小蘭睡著了，醒來的時(shí)候老人已經(jīng)離去，可是小蘭卻很擔(dān)心老人的安危，執(zhí)意要去公車站找老人，這時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)小蘭的包里多了一張磁片，這張機(jī)密磁片的內(nèi)容到底是什么？老人又到底去了哪里？

小五郎他們接到了陶藝家的菊右衛(wèi)門說的電話邀請(qǐng)他們到自己的家里來。原來菊右衛(wèi)門是讓小五郎來看他的新作“風(fēng)水丸”。就在媳婦土屋益子去倉庫拿新作的時(shí)候竟然不小心把“風(fēng)水丸”打破了！而在晚上的宴會(huì)中土屋益子也因?yàn)樽砭撇黄鸲槐Щ亓朔块g中。但在第二天早上，從倉庫里傳出了陶器的破碎聲，當(dāng)大家跑過去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)益子竟然上吊身亡。

少年偵探團(tuán)從事務(wù)所的答錄機(jī)上聽到天氣播報(bào)員淺野亞紀(jì)的留言，便私自決定代替小五郎去處理事件，來到電視臺(tái)后，亞紀(jì)熱情招待大家，還記下了柯南的call機(jī)的號(hào)碼，期間，亞紀(jì)接到了一通電話匆匆離去。在等待的過程中，柯南的call機(jī)收到了亞紀(jì)發(fā)來的留言，根據(jù)這些陸續(xù)發(fā)來的數(shù)字，大家推斷出亞紀(jì)一定是遇到了危險(xiǎn)，經(jīng)過反復(fù)推敲和琢磨，柯南終于明白了其中的含義，并按照這個(gè)訊息找到了被綁架的亞紀(jì)。