毛利收到的信件上寫著有人要?dú)⒑γ佬g(shù)館館長(zhǎng)的內(nèi)容，前去拜訪的柯南等人目睹了好幾次差點(diǎn)讓館長(zhǎng)喪命的危機(jī)。而今天前來(lái)拜訪的赤座先生已經(jīng)被殺害，懷疑壬生小姐行跡可疑的柯南和小蘭正準(zhǔn)備親自聯(lián)絡(luò)警方的時(shí)候卻遭到了襲擊，美術(shù)館里的三個(gè)員工是共犯，而館長(zhǎng)現(xiàn)在將要面臨危險(xiǎn)。

和笹本小姐一起晨跑的高木警官在路上撿到了一個(gè)皮包，打開(kāi)之后里面竟是3千萬(wàn)的巨額鈔票，沒(méi)過(guò)多久鈔票的失主平沼先生便來(lái)到了警局。經(jīng)過(guò)調(diào)查之后高木警官發(fā)現(xiàn)平沼先生丟錢的時(shí)間有所出入，仔細(xì)觀察后的柯南得出了結(jié)論，平沼先生是在早上故意將錢放在路上，而他想把錢交給的則是有著晨跑習(xí)慣的笹本小姐，但他的用意卻讓眾人很困惑。

急著跑進(jìn)偵探事務(wù)所的千葉警官拜托小五郎找人，與他在咖啡館相識(shí)的美緒小姐最近遭到了恐嚇，從廁所回來(lái)的千葉警官得知美緒小姐似乎遇到了什么事而逃回家中，四處尋找拿錯(cuò)雨傘的美緒小姐時(shí)千葉警官又遭到了不明車子的襲擊。正在和小五郎他們四處尋找美緒的千葉接到了通報(bào)，而卷入殺人事件中的年輕小姐便是美緒。

小五郎一大早便被少年偵探團(tuán)纏上，他們委托小五郎調(diào)查的案件是米花町活動(dòng)中心的花圃破壞事件，而在調(diào)查過(guò)程中與山崎小姐發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)的花店老板奧田態(tài)度非常惡劣，因?yàn)樾D小姐的緣故小五郎決定介入調(diào)查。當(dāng)眾人晚上再次來(lái)到活動(dòng)中心時(shí)花圃已經(jīng)遭到了破壞，在破壞的花圃旁還看見(jiàn)了山崎小姐的尸體，奧田被當(dāng)場(chǎng)抓住，但事件的真相到底是什么呢？

來(lái)到正南家里的少年偵探團(tuán)的各位開(kāi)始玩起了花牌，而游戲中正南好像利用花牌向小哀他們傳遞了什么信息。缺少柯南的少年偵探團(tuán)的各位開(kāi)始分析正南的用意，通過(guò)小哀的推理確定了正南的母親的所在地，就在這時(shí)小哀突然發(fā)現(xiàn)了陌生的手機(jī)，而此時(shí)兩名犯人也露出了真相。突然門鈴響了起來(lái)！就在犯人開(kāi)門接收快遞的時(shí)候柯南和高木趕來(lái)救援！