元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見犯人要乘坐輕型卡車逃走，便潛入卡車跟蹤并聽見挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車的所有方的倉田運輸，開始調查。在調查之后眾人并沒有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團的各位終于找到藏尸的地方而正在這時兇手出現，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。

柯南和小蘭跟著小五郎來到關門海峽，還在這里認識四個高中時代就是同學的年輕人，沒想到第二天，他們的另外一名高中同學真尾被人發現橫尸關門橋下，起初警方懷疑兇手就在與死者見過面的那四名同學中，然而他們都有不在場證明，偵訊過后四個人都擺脫了嫌疑，但柯南卻發現了破綻。

出席熊本網球大會的柯南他們，大會當日小蘭被誘拐。柯南回想小蘭電話中內容判斷出小蘭現在咋橫濱并在獲悉園子所拾到的手機中接收到的兩條短信的內容后，知道內容來自倉庫。在救出小蘭之后眾人發現立川的目的。頒獎典禮上立川果然當中刺殺成增先生。在來苑子的說服下，最終立川放下手中的刀，放棄了這種極端的復仇之路。

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之三)卸掉偽裝后，工藤新一出現在滿月之下，在眾賓客吃驚之余，他也開始了對整件案子的推理。他首先排除了木乃伊的嫌疑，并利用搜集來的線索一步步的將真兇以及他的手法公之于眾，沒錯，兇手確實與小五郎一組，他就是……另一方面，看到灰原被茱蒂帶走，新出醫生便尾隨其后，車子一直開到碼頭，茱蒂下車揭露出他的真實身份，而這個人就是寄信給柯南和小五郎同時也是她殺父仇人的蓓摩特。

柯南與少年偵探團與阿笠博士去看足球比賽。在歸途中，遇見在看電視轉播其他比賽的赤野，他毒罵比賽中轉會而遭觀眾噓聲的選手。赤野是上了看球黑名單惡名昭著的狂熱不良分子。然而這個赤野在支持者混雜的電車內被殺害了。在柯南等各位少年偵探團的幫助下警察很快排查出了主要的嫌疑人。而就在此時灰原卻默默的走離人群？