被初音小姐雇傭的偵探安室透在調(diào)查伴場先生時發(fā)現(xiàn)了一件事，初音小姐和伴場先生都是從同一間飯店獲救的嬰兒，兩人都是在身份不明的情況下在同一所教會中撫養(yǎng)長大，聽到這些之后的初音非常在意。所有的證據(jù)都指向了伴場先生，在車底找到初音小姐掉落指甲的柯南似乎看出了事情的真相，這背后或許有著令人悲傷的事實。

從火災(zāi)現(xiàn)場逃出來的柯南等人看到的是跪坐在地上的初穗，想要殺害館長的三人卻反被殺害，而初穗承認(rèn)自己失手將想要對館長下手的姐姐殺死，看到現(xiàn)場遺留的物品后柯南有了線索，這并不是一起單純的正當(dāng)防衛(wèi)，在這個事件的背后還隱藏著不為人知的真相，隱藏在能面背后的真正兇手到底是誰？

為了完成寫生作業(yè)的少年偵探團(tuán)來到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關(guān)聯(lián)。正當(dāng)柯南等人詢問高木警官時UFO的主人小沼博士出現(xiàn)了，在調(diào)查研究所時發(fā)現(xiàn)了死者和自己要好的大哥萬年先生都為大藏工作，小沼先生正好買了大藏的字畫，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬年的訊息便是UFO。

經(jīng)過調(diào)查警方并未在拉面里發(fā)現(xiàn)毒物反應(yīng)，反而在被害者的衣服內(nèi)側(cè)以及他隨身攜帶的物品中發(fā)現(xiàn)毒物，據(jù)拉面店老板說這也可能是西津打算逼走他們而準(zhǔn)備放在拉面里的毒藥，不想?yún)s害死自己的意外事故，這種說法得到了目暮警官的認(rèn)可，就在他準(zhǔn)備以自殺或意外結(jié)案的時候，暗中觀察而看透真相的柯南將小五郎麻醉道出真相。

乍看之下發(fā)生在眼前的命案無疑是自殺事件，但諸多的疑點讓柯南和平次沿著他殺的方向調(diào)查，在詢問過有嫌疑的三人后柯南和平次有了初步的判斷，但現(xiàn)在還不清楚的是辦案的手法。毛利小五郎的調(diào)侃讓柯南和平次靈機一動，在三名嫌疑人到達(dá)現(xiàn)場后服部利用平板電腦還原了命案的經(jīng)過。